Abstract A016: Companion Diagnostics (CDx) to identify hallmarks of Alternative Lengthening of Telomeres (ALT)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Maintenance of telomeres in the absence of telomerase is known as Alternative Lengthening of Telomeres (ALT), which is prevalent in 10-15% of all cancers. Tessellate BIO targets ALT mechanisms to drive cell death by synthetic lethality. To identify patients who will benefit from our therapy, we are developing companion diagnostics (CDx). In this study, established hallmarks of ALT are investigated as CDx target in tissue-derived samples. In fresh and FFPE tumor tissue, presence and abundance of different ALT hallmarks were measured, including RPA phosphorylation, C-circles and telomeric single stranded DNA. While not all markers pass the stringent requirements of a CDx, C-circles prove to be a reliable biomarker. To measure C-circles, a robust and scalable PCR-based protocol was developed, facilitating easy implementation in the clinic. Utilizing this protocol, C-circles were successfully measured across different tissue types. Further, the protocol allowed for C-circle quantification in cell lines, showcasing its utility across matrices of varying complexity. Successful development of the C-circle CDx enables patients selection based on ALT mechanisms herewith improving the response rate of targeted therapies in patients and accelerating new discoveries in the ALT space. Citation Format: Ganesh Kadamur, Dalia Tarantino, Freddie Grogono, Patrick Von Morgen, Salvina Tammaccaro, Diana Zatreanu, Donata Federici Canova, Jana Wolf, Corne van den Kieboom, Katie Chapman, Joris Schuurmans, Jurgen Moll. Companion Diagnostics (CDx) to identify hallmarks of Alternative Lengthening of Telomeres (ALT) [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Expanding and Translating Cancer Synthetic Vulnerabilities; 2024 Jun 10-13; Montreal, Quebec, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2024;23(6 Suppl):Abstract nr A016.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,028 | 0,012 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».