Abstract IA012: Generation and Mining of a Pediatric-focused Cancer Cell Line Atlas to Define Druggable Genetic Interactions in Childhood Malignancies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pediatric solid and central nervous system tumors are the primary cause of cancer-related fatalities in children. Discovering novel targeted therapies requires utilizing pediatric cancer models that accurately mirror the patient's illness. However, the creation and evaluation of these models have significantly trailed adult cancer research, emphasizing the pressing demand for pediatric-centric cell line repositories. Here, we establish a centralized collection of over 450 childhood cancer cell lines. We subjected over 250 of these cell lines to comprehensive multi-omics analyses (including DNA sequencing, RNA sequencing, and DNA methylation analysis), while concurrently conducting pharmacological screenings and genetic CRISPR-Cas9 loss-of-function assays to unveil pediatric-specific treatment avenues and biomarkers. Machine learning approaches were then applied to uncover genotype-phenotype relationships and synthetic lethal interactions. Our endeavor sheds light on the specific vulnerabilities of pathways in molecularly characterized pediatric tumor subclasses and reveals clinically relevant therapeutic opportunities linked with biomarkers. We offer access to the cell line data and resources through an open-access portal. Citation Format: Ron Firestein. Generation and Mining of a Pediatric-focused Cancer Cell Line Atlas to Define Druggable Genetic Interactions in Childhood Malignancies [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Expanding and Translating Cancer Synthetic Vulnerabilities; 2024 Jun 10-13; Montreal, Quebec, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2024;23(6 Suppl):Abstract nr IA012.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».