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Enregistrement W4399622071 · doi:10.1038/s41467-024-49424-5

Prostate cancer reshapes the secreted and extracellular vesicle urinary proteomes

2024· article· en· W4399622071 sur OpenAlexafffund
Amanda Khoo, Meinusha Govindarajan, Zhuyu Qiu, Lydia Liu, Vladimir Ignatchenko, Matthew Waas, Andrew Macklin, Alexander Keszei, Sarah Neu, Brian P. Main, Lifang Yang, Raymond S. Lance, Michelle R. Downes, O. John Semmes, Danny Vesprini, Stanley K. Liu, Julius O. Nyalwidhe, Paul C. Boutros, Thomas Kislinger

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueExtracellular vesicles in disease
Établissements canadiensSunnybrook Health Science CentrePrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoHealth Sciences CentreUniversity Health Network
Organismes subventionnairesCommon FundNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Cancer InstituteNational Center for Advancing Translational SciencesNational Human Genome Research InstituteProstate Cancer FoundationNational Institute on Drug AbuseHospital for Sick ChildrenNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute of Mental HealthNIH Office of the DirectorCanadian Institutes of Health ResearchProstate Cancer CanadaNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésProteomeProstate cancerMicrovesiclesBiomarkerGenitourinary systemExtracellular vesicleUrineUrinary systemProstateSecretory proteinBiomarker discoveryBiologyPopulationCancerExtracellularProteomicsComputational biologyBioinformaticsCell biologyMedicineSecretionBiochemistryGeneEndocrinologymicroRNAGeneticsAnatomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Urine is a complex biofluid that reflects both overall physiologic state and the state of the genitourinary tissues through which it passes. It contains both secreted proteins and proteins encapsulated in tissue-derived extracellular vesicles (EVs). To understand the population variability and clinical utility of urine, we quantified the secreted and EV proteomes from 190 men, including a subset with prostate cancer. We demonstrate that a simple protocol enriches prostatic proteins in urine. Secreted and EV proteins arise from different subcellular compartments. Urinary EVs are faithful surrogates of tissue proteomes, but secreted proteins in urine or cell line EVs are not. The urinary proteome is longitudinally stable over several years. It can accurately and non-invasively distinguish malignant from benign prostatic lesions and can risk-stratify prostate tumors. This resource quantifies the complexity of the urinary proteome and reveals the synergistic value of secreted and EV proteomes for translational and biomarker studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,935
Score d'incertitude au seuil0,368

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,289 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations29
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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