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Enregistrement W4399705658 · doi:10.1186/s12014-024-09492-7

Glial fibrillary acidic protein, neurofilament light, matrix metalloprotease 3 and fatty acid binding protein 4 as non-invasive brain tumor biomarkers

2024· article· en· W4399705658 sur OpenAlexafffund
Atefeh Ghorbani, Miyo K. Chatanaka, Lisa Avery, Mingyue Wang, Jermaine Brown, Rachel Cohen, Taron Gorham, Salvia Misaghian, Nikhil Padmanabhan, Daniel Romero, Martin Stengelin, Anu Mathew, George B. Sigal, Jacob N. Wohlstadter, Craig Horbinski, Wei Xu, Gelareh Zadeh, Alireza Mansouri, George M. Yousef, Eleftherios P. Diamandis, Ioannis Prassas

Notice bibliographique

RevueClinical Proteomics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGlioma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalUniversity of TorontoUniversity Health NetworkPrincess Margaret Cancer CentrePublic Health Ontario
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCanadian Cancer Society Research InstituteNorthwestern University
Mots-clésGlial fibrillary acidic proteinFatty acid-binding proteinMatrix metalloproteinasePathologyGFAP stainMetalloproteinaseNeurofilamentMMP3MedicineCancer researchChemistryBiochemistryImmunohistochemistryGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Gliomas are aggressive malignant tumors, with poor prognosis. There is an unmet need for the discovery of new, non-invasive biomarkers for differential diagnosis, prognosis, and management of brain tumors. Our objective is to validate four plasma biomarkers - glial fibrillary acidic protein (GFAP), neurofilament light (NEFL), matrix metalloprotease 3 (MMP3) and fatty acid binding protein 4 (FABP4) - and compare them with established brain tumor molecular markers and survival. METHODS: Our cohort consisted of patients with benign and malignant brain tumors (GBM = 77, Astrocytomas = 26, Oligodendrogliomas = 23, Secondary tumors = 35, Meningiomas = 70, Schwannomas = 15, Pituitary adenomas = 15, Normal individuals = 30). For measurements, we used ultrasensitive electrochemiluminescence multiplexed immunoassays. RESULTS: High plasma GFAP concentration was associated with GBM, low GFAP and high FABP4 were associated with meningiomas, and low GFAP and low FABP4 were associated with astrocytomas and oligodendrogliomas. NEFL was associated with progression of disease. Several prognostic genetic alterations were significantly associated with all plasma biomarker levels. We found no independent associations between plasma GFAP, NEFL, FABP4 and MMP3, and overall survival. The candidate biomarkers could not reliably discriminate GBM from primary or secondary CNS lymphomas. CONCLUSIONS: GFAP, NEFL, FABP4 and MMP3 are useful for differential diagnosis and prognosis, and are associated with molecular changes in gliomas.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,331
Écart entre enseignants0,306 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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