Performance characteristics of a tissue-agnostic genome-wide methylome enrichment MRD assay for head and neck malignancies.
Notice bibliographique
Résumé
3009 Background: Plasma cell-free DNA (cfDNA) tests have emerged as a promising approach for cancer management. cfDNA methylome approaches are well-suited for molecular residual disease (MRD) detection. Here we present data using a tissue-agnostic, genome-wide methylome enrichment platform based on cell-free methylated DNA immunoprecipitation and high throughput sequencing (cfMEDIP-seq) in head and neck cancer (HNC) to predict relapse for purposes of guiding adjuvant therapy after completion of curative-intent treatment and to detect early relapse. Methods: The cohort is comprised of biobanked samples from individuals diagnosed with stage I-IVB human papillomavirus (HPV)-negative and HPV-positive HNC with longitudinal data collection and sampling. The full cohort includes 325 unique patients with 1,155 samples. Samples were split into distinct sets to train and test a classifier consisting of differentially methylated regions. Blood collection time points include at diagnosis, and approximately 3 (landmark), 12 and 24 months after curative intent treatment. 5-10 ng of cfDNA isolated from each plasma sample was used for cfMEDIP-seq. MRD signals were quantified from average normalized counts across informative methylated regions and binarized into a positive (above the threshold) and negative groups. Recurrence-free survival (RFS) was compared for patients who tested positive to those who tested negative at 3 months post-curative treatment (i.e., landmark timepoint) and longitudinally. Results: A total of 196 post-treatment samples from 80 unique patients [stage I (35%), II (15%), III (24%), IV (26%)] were analyzed and correlated with recurrence, in this interim training result. At the landmark timepoint, patients who tested positive showed significantly worse RFS than those who tested negative (Hazard ratio (HR) 9.69; 95% CI, 4.39-21.4, P<0.001). Incorporating serial longitudinal samples, recurrence-free survival was worse in patients who tested positive compared to those that tested negative (HR 14.52; 95% CI, 5.78-36.46, P<0.001). Conclusions: Interim analysis demonstrates that MRD detection with a tissue-agnostic, genome-wide methylome enrichment platform in HNC patients after curative intent treatment correlates strongly with RFS with hazard ratios consistent with tumor-informed assays previously described. Updated analyses from the cohort will be presented at the meeting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».