BIOM-03. IMMUNO-ONCOLOGIC PROFILING OF PEDIATRIC BRAIN TUMORS REVEALS MAJOR CLINICAL SIGNIFICANCE OF THE TUMOR IMMUNE MICROENVIRONMENT
Notice bibliographique
Résumé
Abstract With the success of immunotherapy in cancer, understanding the tumor immune microenvironment (TIME) has become increasingly important; however in pediatric brain tumors this remains poorly characterized. Accordingly, we developed a clinical immune-oncology gene expression assay, including the 18-gene tumor inflammation signature (TIS) as a marker of overall immune activation, and validated this with immunohistochemistry for key cell-type markers. We used this assay, in conjunction with public data from the Pediatric Brain Tumor Atlas (PBTA), to profile a diverse range of 1382 samples in total with detailed clinical and molecular annotation. Overall among the main types of pediatric brain tumors, low-grade gliomas (LGG) had the highest inflammation levels (regardless of genetic driver alteration) and medulloblastomas the lowest. In LGG we identified three distinct patterns of immune activation with prognostic significance in BRAF V600E-mutant tumors, specifically that higher inflammation predicted worse outcomes. In high-grade gliomas (HGG), we observed immune activation and T-cell infiltrates in tumors that have historically been considered exclusively immune cold. There were genomic correlates of inflammation levels, with BRAF-V600E-mutant HGG having the highest inflammation levels and suggesting these may be candidates for combination MEK inhibition and immunotherapy. In mismatch repair deficient HGG, we found that high TIS was a significant predictor of response to immune checkpoint inhibition, and demonstrated the potential for multimodal biomarkers (TIS plus tumor mutation burden) to improve treatment stratification. Importantly, while overall patterns of immune activation were observed for histologically and genetically defined tumor types, there was significant variability within each entity, indicating that the TIME must be evaluated as an independent feature from diagnosis. In sum, in addition to the histology and molecular profile, this work underscores the importance of reporting on the TIME as an essential axis of cancer diagnosis in the era of personalized medicine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».