Plasmid genomic epidemiology of carbapenem-hydrolysing class D β-lactamase (CDHL)-producing Enterobacterales in Canada, 2010−2021
Notice bibliographique
Résumé
Carbapenems are last-resort antibiotics for treatment of infections caused by multidrug-resistant Enterobacterales , but carbapenem resistance is a rising global threat due to the acquisition of carbapenemase genes. Oxacillinase-48 ( bla OXA-48 )-type carbapenemases are increasing in abundance in Canada and elsewhere; these genes are frequently found on mobile genetic elements and are associated with specific transposons. This means that alongside clonal dissemination, bla OXA-48-type genes can spread through plasmid-mediated horizontal gene transfer. We applied whole genome sequencing to characterize 249 bla OXA-48-type -producing Enterobacterales isolates collected by the Canadian Nosocomial Infection Surveillance Program from 2010 to 2021. Using a combination of short- and long-read sequencing, we obtained 70 complete and circular bla OXA-48-type -encoding plasmids. Using MOB-suite, four major plasmids clustered were identified, and we further estimated a plasmid cluster for 91.9 % (147/160) of incomplete bla OXA-48-type -encoding contigs. We identified different patterns of carbapenemase mobilization across Canada, including horizontal transmission of bla OXA-181 /IncX3 plasmids (75/249, 30.1 %) and bla OXA-48 /IncL/M plasmids (47/249, 18.9 %), and both horizontal transmission and clonal transmission of bla OXA-232 for Klebsiella pneumoniae ST231 on ColE2-type/ColKP3 plasmids (25/249, 10.0 %). Our findings highlight the diversity of OXA-48-type plasmids and indicate that multiple plasmid clusters and clonal transmission have contributed to bla OXA-48-type spread and persistence in Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».