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Enregistrement W4399970144 · doi:10.1016/j.stem.2024.05.010

Selective advantage of mutant stem cells in human clonal hematopoiesis is associated with attenuated response to inflammation and aging

2024· article· en· W4399970144 sur OpenAlexafffund
Niels Asger Jakobsen, Sven Turkalj, Andy G.X. Zeng, Bilyana Stoilova, Marlen Metzner, Susann Rahmig, Murtaza S. Nagree, Sayyam Shah, Rachel Moore, Batchimeg Usukhbayar, Mirian Angulo Salazar, Grigore Gafencu, Alison Kennedy, Simon Newman, Benjamin Kendrick, Adrian Taylor, Rasheed Afinowi-Luitz, Roger Gundle, Bridget Watkins, Kim Wheway, Debra Beazley, Alex Murison, Alicia G. Aguilar-Navarro, Eugenia Flores‐Figueroa, Stephanie G. Dakin, Andrew Carr, Claus Nerlov, John E. Dick, Stephanie Z. Xie, Paresh Vyas

Notice bibliographique

RevueCell stem cell · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAcute Myeloid Leukemia Research
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesRadcliffe Department of Medicine, University of OxfordCanadian Institutes of Health ResearchManchester Biomedical Research CentreBlood Cancer UKClarendon FundMedical Research CouncilVersus ArthritisNational Research Council CanadaUniversity of TorontoCanadian Cancer Society Research InstituteCanada First Research Excellence FundCanada Research ChairsInternational Development Research CentreTerry Fox FoundationUniversity of OxfordCanadian Cancer SocietyNational Institute for Health and Care ResearchGovernment of OntarioPrincess Margaret Cancer FoundationPfizerNIHR Oxford Biomedical Research CentreOntario Institute for Cancer ResearchMinistry of Health, Ontario
Mots-clésBiologyHaematopoiesisMutantStem cellTranscriptomeInflammationMyeloidCell biologyProgenitor cellBone marrowMutationHematopoietic stem cellSomatic cellGeneticsImmunologyGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Clonal hematopoiesis (CH) arises when hematopoietic stem cells (HSCs) acquire mutations, most frequently in the DNMT3A and TET2 genes, conferring a competitive advantage through mechanisms that remain unclear. To gain insight into how CH mutations enable gradual clonal expansion, we used single-cell multi-omics with high-fidelity genotyping on human CH bone marrow (BM) samples. Most of the selective advantage of mutant cells occurs within HSCs. DNMT3A- and TET2-mutant clones expand further in early progenitors, while TET2 mutations accelerate myeloid maturation in a dose-dependent manner. Unexpectedly, both mutant and non-mutant HSCs from CH samples are enriched for inflammatory and aging transcriptomic signatures, compared with HSCs from non-CH samples, revealing a non-cell-autonomous effect. However, DNMT3A- and TET2-mutant HSCs have an attenuated inflammatory response relative to wild-type HSCs within the same sample. Our data support a model whereby CH clones are gradually selected because they are resistant to the deleterious impact of inflammation and aging.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations98
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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