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Enregistrement W4400024448 · doi:10.17615/c9rj-vf19

Association of germline genetic variants with breast cancer-specific survival in patient subgroups defined by clinic-pathological variables related to tumor biology and type of systemic treatment

2024· article· en· W4400024448 sur OpenAlexfundno aff
Stella Koutros, Wolfgang Janni, B Rack, D.F. Easton, Per Hall, Clare L. Scott, Volker Arndt, Sebastian Nielsen, Arif B. Ekici, Mikael Eriksson, José Á. García-Sáenz, Nick Orr, Sara Margolin, Ting Cheng, Agnes Jager, Christine L. Clarke, Bette J. Caan, Argyrios Ziogas, Mitul Shah, Harald Surowy, A.F. Olshan, Valerie Rhenius, T. Brüning, R. Kaaks, Kyriaki Michailidou, Georgia Chenevix‐Trench, Kamila Czene, Paul L. Auer, Rebecca Roylance, Ian Tomlinson, Hiltrud Brauch, Angela Cox, Henrik Flyger, Nadège Presneau, ABCTB Investigators, Peter Kraft, A. Wolk, Esther M. John, Wei He, D. Gareth Evans, Matthias Ruebner, Joe Dennis, Pascal Guénel, Annelie Augustinsson, Thomas U. Ahearn, Dijana Plaseska-Karanfilska, Graham G. Giles, Reiner Hoppe, kConFab Investigators, Q. Wang, RM Tamimi, Tjoung‐Won Park‐Simon, Bernard Peissel, Audrey Jung, NBCS Collaborators, Sabine Behrens, Marı́a Elena Martı́nez, Jose E. Castelao, Heli Nevanlinna, A. Lindblom, A Swerdlow, Snezhana Smichkoska, William Tapper, Anthony Howell, Machteld Keupers, SS Buys, Martha S. Linet, Simon S. Cross, A.V. Patel, A. Heather Eliassen, Manuela Gago-Domínguez, A. Schneeweiss, R.A.E.M. Tollenaar, Jan Lubiński, Steven N. Hart, Masood Manoochehri, Diether Lambrechts, K. Prajzendanc, Michael Lush, Anna Marie Mulligan, Emmanouil Saloustros, Thilo Dörk, Heiko Becher, M.W. Beckmann, Niclas Håkansson, David J. Hunter, Alain Hartmann, P. Peterlongo, Atocha Romero, Allison W. Kurian, M. Bolla, Laure Dossus, Peter A. Fasching, Melissa C. Southey, Robert Winqvist, Thérèse Truong, J. Lacey, Montserrat García‐Closas, William G. Newman, L. Le Marchand, Hermann Brenner, Celine M. Vachon, Melanie Gündert, U. Hamann, Diana Eccles, Håkan Olsson, Arto Mannermaa, Emma Sawyer, Jennifer Stone, Børge G. Nordestgaard, Stig E. Bojesen, Ross L. Prentice, G. Rennert, Daniele Campa, Sander Canisius, Maria Escala-Garcia, A.M. Dunning, Lin Fritschi, Lauren R. Teras, C.A. Haiman, Hedy S. Rennert, Anna Jakubowska, R Schmutzler, Renske Keeman, Mary Beth Terry, Robert Luben, M Schmidt, Anna Morra, M.B. Daly, Laura E. Beane Freeman, Roger L. Milne, M.A. Troester, Sarah V. Colonna, Jenny Chang‐Claude, J.W.M. Martens, Cari M. Kitahara, Jaana M. Hartikainen, Maartje J. Hooning, T.A. Muranen, Amber N. Hurson, Vessela N. Kristensen, Paul D.P. Pharoah, J. Beesley, Federico Canzian, I.L. Andrulis, Miriam Dwek, H. Anton-Culver, Mervi Grip, D. Mavroudis, F.J. Couch, JL Hopper, S.J. Chanock

Notice bibliographique

RevueUNC Libraries · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMedical Research and Materiel CommandServicio Gallego de SaludUniversitätsklinikum Hamburg-EppendorfInstituto de Salud Carlos IIICancer Council TasmaniaCancer Council NSWNational Health and Medical Research CouncilWorld Cancer Research FundMedical Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchProgramme Grants for Applied ResearchManchester Biomedical Research CentreUniversity of California, San FranciscoImperial Experimental Cancer Medicine CentreNational Institutes of HealthHellenic Health FoundationFreistaat SachsenDeutschen Konsortium für Translationale KrebsforschungXunta de GaliciaMutuelle Générale de l'Education NationaleInstitut Gustave-RoussyCenters for Disease Control and PreventionLeids Universitair Medisch CentrumInstitut National Du CancerNorges ForskningsrådDeutsche KrebshilfeInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleUniversity of CreteVetenskapsrådetStockholms Läns LandstingUniversity of Southern CaliforniaStavros Niarchos FoundationKuopion Yliopistollinen SairaalaHarvard T.H. Chan School of Public HealthKarolinska InstitutetGovernment of CanadaMinisterio de Sanidad, Servicios Sociales e IgualdadBundesministerium für Bildung und ForschungOvarian Cancer Research FundMinisterio de Economía y CompetitividadCancer AustraliaAgence Nationale de la RechercheDeutsche Gesetzliche UnfallversicherungGentofte HospitalDeutsche ForschungsgemeinschaftCancer Council South AustraliaFonds Wetenschappelijk OnderzoekCancerfondenNational Cancer InstituteCancer Institute NSWEuropean Regional Development FundKing's College LondonNational Institute for Health and Care ResearchCancer Research UKRobert Bosch StiftungEberhard Karls Universität TübingenRheinische Friedrich-Wilhelms-Universität BonnBreast Cancer Research TrustFondation du cancer du sein du QuébecDavid F. and Margaret T. Grohne Family FoundationU.S. ArmyUniversity of WestminsterLigue Contre le CancerDeutsches KrebsforschungszentrumBrigham and Women's HospitalAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroGenome CanadaItä-Suomen YliopistoFondation de FranceSundhed og Sygdom, Det Frie ForskningsrådCancer Council VictoriaCalifornia Department of Public HealthNational Breast Cancer FoundationCancer Council Western AustraliaEuropean CommissionBreast Cancer Research Foundation
Mots-clésGermlinePathologicalBreast cancerOncologyBiologyCancerGenetic associationInternal medicineMedicineGeneticsGenotypeGeneSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Given the high heterogeneity among breast tumors, associations between common germline genetic variants and survival that may exist within specific subgroups could go undetected in an unstratified set of breast cancer patients. Methods: We performed genome-wide association analyses within 15 subgroups of breast cancer patients based on prognostic factors, including hormone receptors, tumor grade, age, and type of systemic treatment. Analyses were based on 91,686 female patients of European ancestry from the Breast Cancer Association Consortium, including 7531 breast cancer-specific deaths over a median follow-up of 8.1 years. Cox regression was used to assess associations of common germline variants with 15-year and 5-year breast cancer-specific survival. We assessed the probability of these associations being true positives via the Bayesian false discovery probability (BFDP < 0.15). Results: Evidence of associations with breast cancer-specific survival was observed in three patient subgroups, with variant rs5934618 in patients with grade 3 tumors (15-year-hazard ratio (HR) [95% confidence interval (CI)] 1.32 [1.20, 1.45], P = 1.4E−08, BFDP = 0.01, per G allele); variant rs4679741 in patients with ER-positive tumors treated with endocrine therapy (15-year-HR [95% CI] 1.18 [1.11, 1.26], P = 1.6E−07, BFDP = 0.09, per G allele); variants rs1106333 (15-year-HR [95% CI] 1.68 [1.39,2.03], P = 5.6E−08, BFDP = 0.12, per A allele) and rs78754389 (5-year-HR [95% CI] 1.79 [1.46,2.20], P = 1.7E−08, BFDP = 0.07, per A allele), in patients with ER-negative tumors treated with chemotherapy. Conclusions: We found evidence of four loci associated with breast cancer-specific survival within three patient subgroups. There was limited evidence for the existence of associations in other patient subgroups. However, the power for many subgroups is limited due to the low number of events. Even so, our results suggest that the impact of common germline genetic variants on breast cancer-specific survival might be limited.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,220
Score d'incertitude au seuil0,425

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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Résumé présentoui

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