P143 Evaluating intestinal biopsy preservation and storage methods to facilitate large-scale microbiome research in inflammatory bowel disease (IBD)
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Large multicentre studies are key to understanding complex relationships between the gut microbiome and outcomes in IBD. Interrogating the mucosal microbiome may identify biological signals not captured by stool, which mostly reflects distal colon. Gold standard tissue cryopreservation by ‘flash freezing’ is likely to limit large study feasibility. We aimed to compare gold standard and pragmatic mucosal biopsy storage vs stool. Methods We collected endoscopic recto-sigmoid biopsies and paired stool (prior to bowel cleansing) from 20 adults with IBD (ethical approval: Wales REC5, ref 21/WA/0228). Biopsy preservation and storage conditions are shown in figure 1. Microbiota was sequenced on the MiSeq (Illumina) platform using the 16S rRNA gene (V4 region). Statistical analyses were performed in R, including decontam package for FFPE analyses. Results Gut microbiome was consistent between proximal and distal biopsies suggesting any within-patient variation observed would be reflective of storage condition, not location. There was no significant difference in alpha diversity (richness, P=0.99; Shannon index, P=0.99) or microbiota profile (P=1.00; R2=0.01) of reagent-preserved vs gold standard tissue. Whilst FFPE community structure was not significantly different to stool, there was significant dissimilarity vs other tissue (P=0.001, R2 0.23). This was driven by differential relative abundance of obligate gut anaerobes; Faecalibacterium, Anaerostipes and Lachnospiraceae. Despite this, tissue microbiota grouped by participant (P=0.001, R2=0.56) regardless of preservation and storage condition. FFPE richness (P=0.11) and Shannon index (P=0.09) was comparable to other tissue conditions. Conclusions Preservative reagents are a convenient alternative to flash freezing tissue in large microbiome studies. Whilst less comparable, FFPE specimens provide potential for microbiome studies using historically banked samples. Access to tissue for microbiome and other omic analysis will evolve mechanistic understanding of IBD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,025 | 0,031 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,015 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».