Detection of Lawsonia intracellularis by oral fluids and fecal samples in Canadian swine
Notice bibliographique
Résumé
Objectives: The study objectives were to 1) describe the proportion of Lawsonia intracellularis-positive samples in unvaccinated and vaccinated Canadian swine herds during the mid- and late-finishing phases; 2) compare the probability of detecting L intracellularis by quantitative polymerase chain reaction using fecal samples (FS) and oral fluids (OF); and 3) investigate risk factors of L intracellularis detection using FS and OF. Material and methods: Site demographics and vaccination protocols were obtained from 40 Canadian swine sites via questionnaire. Three OF and 3 FS were collected per site once during the mid-finisher (15-17 wk of age) and once during the late-finisher (20-22 wk of age) production stages. Results: Half of all investigated production sites were positive for L intracellularis. A 2-fold increase in L intracellularis detection rate was observed for OF compared to FS (odds ratio = 2.36; 95% CI, 1.24-4.49; P = .009). The presence of porcine circovirus type 2 (PCV2) had a 5-fold increased risk of L intracellularis positivity compared to sites without PCV2 (incidence rate ratio [IRR] = 4.99; 95% CI, 1.29-20.23; P = .02). A higher positive rate was found for sites with L intracellularis outbreaks within the last 2 years (IRR = 3.08; 95% CI, 1.51-6.37; P = .002). Implications: This study presents evidence that OF may have a higher detection rate compared to FS for L intracellularis. Herds with PCV2 or exposure to recent L intracellularis outbreaks may be at increased risk of harboring L intracellularis and warrant additional investigation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».