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Enregistrement W4400431855 · doi:10.1016/j.celrep.2024.114417

The TSC22D, WNK, and NRBP gene families exhibit functional buffering and evolved with Metazoa for cell volume regulation

2024· article· en· W4400431855 sur OpenAlexafffund
Yu-Xi Xiao, Seon Yong Lee, Magali Aguilera-Uribe, Reuben Samson, Aaron Au, Yukti Khanna, Zetao Liu, Ran Cheng, Kamaldeep Aulakh, Jiarun Wei, Adrian Granda Farias, Taylor Reilly, Saba Birkadze, Andrea Habsid, Kevin R. Brown, Katherine Chan, Patricia Mero, Jie Huang, Maximilian Billmann, Mahfuzur Rahman, Chad L. Myers, Brenda J. Andrews, Ji‐Young Youn, Christopher M. Yip, Daniela Rotin, W. Brent Derry, Julie D. Forman‐Kay, Alan M Moses, Iva Pritišanac, Anne‐Claude Gingras, Jason Moffat

Notice bibliographique

RevueCell Reports · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon Transport and Channel Regulation
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalHospital for Sick ChildrenToronto Rehabilitation InstituteSickKids FoundationUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaHospital for Sick ChildrenCanada Research ChairsNational Human Genome Research InstituteUniversity of TorontoCanada Foundation for InnovationCanadian Institutes of Health ResearchGenome Canada
Mots-clésGene familyBiologyGeneOsmotic concentrationOsmotic shockCell biologyKinaseProtein familyGene duplicationProtein domainGeneticsGene expressionBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The ability to sense and respond to osmotic fluctuations is critical for the maintenance of cellular integrity. We used gene co-essentiality analysis to identify an unappreciated relationship between TSC22D2, WNK1, and NRBP1 in regulating cell volume homeostasis. All of these genes have paralogs and are functionally buffered for osmo-sensing and cell volume control. Within seconds of hyperosmotic stress, TSC22D, WNK, and NRBP family members physically associate into biomolecular condensates, a process that is dependent on intrinsically disordered regions (IDRs). A close examination of these protein families across metazoans revealed that TSC22D genes evolved alongside a domain in NRBPs that specifically binds to TSC22D proteins, which we have termed NbrT (NRBP binding region with TSC22D), and this co-evolution is accompanied by rapid IDR length expansion in WNK-family kinases. Our study reveals that TSC22D, WNK, and NRBP genes evolved in metazoans to co-regulate rapid cell volume changes in response to osmolarity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,183
Score d'incertitude au seuil0,332

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,184
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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