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Enregistrement W4400830318 · doi:10.1101/2024.07.16.603755

Untargeted metabolomics reveals anion and organ-specific biochemistry of salinity tolerance in willow

2024· preprint· en· W4400830318 sur OpenAlexafffund
Eszter Sas, Adrien Frémont, Emmanuel González, Mathieu Sarrazin, Simon Barnabé, Michel Labrecque, Nicholas J. B. Brereton, Frédéric E. Pitre

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Stress Responses and Tolerance
Établissements canadiensEspace pour la vieUniversité du Québec à Trois-RivièresMcGill Genome CentreCollège de MaisonneuveMcGill UniversityUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesNatural Resources CanadaEnvironment and Climate Change CanadaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMitacsUniversity of Alberta
Mots-clésMetabolomicsWillowComputational biologySalinityChemistryBiologyBiochemistryBotanyBioinformaticsEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

1 Abstract Willows can alleviate soil salinisation while generating sustainable feedstock for biorefinery, yet the metabolomic adaptations underlying their salt tolerance remain poorly understood. Testing two environmentally abundant salts, the response of Salix miyabeana was assessed after treatment with a moderate concentration of NaCl, and both moderate and high concentrations of Na 2 SO 4 in a 12-week pot trial. Willows tolerated salts across all treatments (up to 9.1dS m -1 soil EC e ), maintaining photosynthesis and biomass while selectively partitioning ions, confining Na + to roots and accumulating Cl - and SO 2- in the canopy, and adapting to osmotic stress via reduced stomatal conductance. Untargeted LC-MS/MS captured over 5,000 putative compounds, characterising the baseline willow metabolome, including 278 core compounds constitutively produced across organs. Comparative statistical analyses revealed widespread metabolic reprogramming in response to soil salinity, altering 28% of the overall metabolome, and highlighting organ-tailored regulation. Comparing both salt forms at equimolar sodium, generalised salinity responses were limited to 3% of the metabolome, predominantly in roots. Anion-specific metabolomic responses were more extensive, with NaCl reducing carbohydrates and TCA intermediates, thereby exerting pressure on carbon and energy resources, alongside the accumulation of root structuring compounds, antioxidants flavonoids, and fatty acids. In contrast, Na 2 SO 4 salinity triggered accumulation of sulphur-containing larger peptides, suggesting that excess sulphate incorporation leverage ion toxicity to produce specialized salt-tolerance associated metabolites. This high-depth picture of the willow metabolome underscores the importance of capturing plant adaptations to salt stress at organ-scale and considering ion-specific contributions to soil salinity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,202
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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