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Enregistrement W4400873260 · doi:10.1101/2024.07.22.604633

Membranous translation platforms in the chloroplast of <i>Chlamydomonas reinhardtii</i>

2024· preprint· en· W4400873260 sur OpenAlexaff
Yi Sun, Shiva Bakhtiari, Melissa Valente-Paterno, Heng Jiang, William Zerges

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePhotosynthetic Processes and Mechanisms
Établissements canadiensMcGill UniversityConcordia University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChlamydomonas reinhardtiiTranslation (biology)ChloroplastChlamydomonasBotanyChemistryBiologyBiochemistryGeneMessenger RNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT A small genome in chloroplasts encodes polypeptide subunits of the photosynthetic electron transport complexes in the membranes of thylakoid vesicles in the chloroplast stroma. Trans-membrane subunits of these complexes undergo co-translational membrane insertion during their synthesis by ribosomes of the bacterial-like genetic system of this semiautonomous organelle. While thylakoid membranes are sites of translation, evidence in the unicellular alga Chlamydomonas reinhardtii supports translation also on non-canonical membranes in a discrete translation-zone in the chloroplast. To characterize the membranous platforms for translation and the biogenesis of thylakoid membrane, we profiled membranes during chloroplast development, using the yellow-in-the-dark 1 mutant, and carried out proteomic analyses on membranes of interest. The results support roles of two membrane types in preliminary and ongoing stages of translation: a “low-density membrane” and a denser “chloroplast translation membrane”, respectively. These roles are based on correlations of the relative levels of each membrane type and the translational status of the chloroplast before, during and after chloroplast differentiation and results of proteomic analyses. Our results support a model of photosynthesis complex biogenesis in a spatiotemporal “assembly line” involving LDM and CTM as sequential stages leading to photosynthetic thylakoid membranes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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