An update on the status of direct testing for <i>Treponema pallidum</i> subspecies <i>pallidum</i> for the laboratory diagnosis of syphilis in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Background: In Canada, the recent resurgence of infectious syphilis and rising rates of congenital syphilis have renewed interest in direct detection methods for the laboratory diagnosis of syphilis. The Canadian Public Health Laboratory Network (CPHLN) has previously published a series of guidelines for the diagnosis of syphilis in Canada, including the use of direct tests. In the decade since those guidelines were published, laboratory practice has changed. Methods: This systematized review combined a literature search (MEDLINE) of methods for direct detection of Treponema pallidum with an informal survey of current testing practices in Canadian public health laboratories. Results: Direct testing methods have favourable performance characteristics for detection of early syphilis and congenital cases. Although no government licensed commercial nucleic acid amplification test (NAAT) for syphilis is available in Canada, laboratory-developed tests have been implemented in multiple Canadian jurisdictions. Clinical specimens with the highest yield of positive NAAT results for syphilis include genital ulcers, skin lesions, and oral swabs from primary and secondary syphilis patients. For investigation of congenital syphilis, nasopharyngeal, placenta, umbilical cord, blood, and skin lesions are specimens of choice for direct detection of T. pallidum by NAAT. Conclusions: This update on the status of direct testing highlights the importance of NAAT for the detection of T. pallidum, the reduced role of microscopy-based methods, and the emergence of DNA and genome sequencing as tools for phylogenetic analysis and molecular epidemiology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,034 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,022 | 0,025 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,006 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».