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Enregistrement W4400895995 · doi:10.1101/2024.07.18.603978

Identification of targetable vulnerabilities of PLK1-overexpressing cancers by synthetic dosage lethality

2024· preprint· en· W4400895995 sur OpenAlexafffund
Chelsea E. Cunningham, Frederick S. Vizeacoumar, Yue Zhang, Liliia Kyrylenko, Peng Gao, Vincent Maranda, He Dong, Jared D. W. Price, Ashtalakshmi Ganapathysamy, Rithik Hari, Connor Denomy, Simon Both, Konrad Wagner, Yingwen Wu, Faizaan Khan, Shayla R. Mosley, A. Chen, Tetiana Katrii, Ben G. E. Zoller, Karthic Rajamanickam, Prachi Walke, Lihui Gong, Hardikkumar Patel, Mary Lazell-Wright, Alain Morejon Morales, Kalpana K. Bhanumathy, Hussain Elhasasna, Renuka Dahiya, Omar Abuhussein, Anton E. Dmitriev, Tanya Freywald, Érika Prando Munhoz, Anand Krishnan, Eytan Ruppin, Joo Sang Lee, Katharina Rox, Behzad M. Toosi, Martin Köebel, Mary Kinloch, Laura Hopkins, Cheng‐Han Lee, Raju Datla, Sunil Yadav, Yuliang Wu, Kristi Baker, Martin Empting, Alexandra K. Kiemer, Andrew Freywald, Franco J. Vizeacoumar

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA Repair Mechanisms
Établissements canadiensUniversity of CalgaryCameco (Canada)Global Institute for Water SecurityAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of SaskatchewanUniversity of AlbertaSaskatchewan Cancer Agency
Organismes subventionnairesUniversity of SaskatchewanDeutsche ForschungsgemeinschaftCanadian Institutes of Health ResearchMitacsSaskatchewan Health Research FoundationCancer Research SocietyHuntsman Cancer Institute
Mots-clésSynthetic lethalityLethalityIdentification (biology)Cancer researchMedicineChemistryBiologyToxicologyBiochemistryDNA repairDNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Tumor heterogeneity poses a significant challenge in combating treatment resistance. Despite Polo-like kinase 1 (PLK1) being universally overexpressed in cancers and contributing to chromosomal instability (CIN), direct PLK1 inhibition hasn’t yielded clinical progress. To address this, we utilized the synthetic dosage lethality (SDL) approach, targeting PLK1’s genetic interactions for selective killing of overexpressed tumor cells while mitigating heterogeneity-associated challenges. Employing computational methods, we conducted a genome-wide shRNA screen, identifying 105 SDL candidates. Further in vivo CRISPR screening in a breast cancer xenograft model and in vitro CRISPR analysis validated these candidates. Employing Perturb-seq revealed IGF2BP2/IMP2 as a key SDL hit eliminating PLK1-overexpressing cells. Suppression of IGF2BP2, genetically or pharmacologically, downregulated PLK1 and limited tumor growth. Our findings strongly propose targeting PLK1’s genetic interactions as a promising therapeutic approach, holding broad implications across multiple cancers where PLK1 is overexpressed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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