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Enregistrement W4401011803 · doi:10.1038/s41467-024-50601-9

Evaluation of FluSight influenza forecasting in the 2021–22 and 2022–23 seasons with a new target laboratory-confirmed influenza hospitalizations

2024· article· en· W4401011803 sur OpenAlexaff
Sarabeth M. Mathis, Alexander E. Webber, Tomás M. León, Erin L. Murray, Monica Sun, Lauren A. White, Logan Brooks, Alden Green, Addison J. Hu, Roni Rosenfeld, Dmitry Shemetov, Ryan J. Tibshirani, Daniel J. McDonald, Sasikiran Kandula, Sen Pei, Rami Yaari, Teresa K. Yamana, Jeffrey Shaman, Pulak Agarwal, Srikar Balusu, Gautham Gururajan, Harshavardhan Kamarthi, B. Aditya Prakash, Rishi Raman, Zhiyuan Zhao, Alexander Rodríguez, Akilan Meiyappan, Shalina Omar, Prasith Baccam, Heidi Gurung, Brad T. Suchoski, Steve A. Stage, Marco Ajelli, Allisandra G. Kummer, Maria Litvinova, Paulo C. Ventura, Spencer Wadsworth, Jarad Niemi, Erica Carcelen, Alison L. Hill, Sara L. Loo, Clifton McKee, K.T. Sato, Claire P. Smith, Shaun Truelove, Sung-mok Jung, Joseph C. Lemaitre, Justin Lessler, Thomas McAndrew, Wenxuan Ye, Nikos I Bosse, William S. Hlavacek, Yen Ting Lin, Abhishek Mallela, Graham Gibson, Ye Chen, Shelby M. Lamm, Jaechoul Lee, Richard G. Posner, Amanda C. Perofsky, Cécile Viboud, Leonardo Clemente, Fred Lu, Austin G. Meyer, Mauricio Santillana, Matteo Chinazzi, Jessica T. Davis, Kunpeng Mu, Ana Pastore y Piontti, Alessandro Vespignani, Xinyue Xiong, M. Ben-Nun, Pete Riley, James Turtle, Chis Hulme-Lowe, Shakeel Jessa, VP Nagraj, Stephen Turner, Desiree Williams, Avranil Basu, John M. Drake, Spencer J. Fox, Ehsan Suez, M Cojocaru, Edward W. Thommes, Estee Y. Cramer, Aaron Gerding, Ariane Stark, Evan L Ray, Nicholas G Reich, Li Shandross, Nutcha Wattanachit, Yijin Wang, Martha Zorn, Majd Al Aawar, Ajitesh Srivastava, Lauren Ancel Meyers, Aniruddha Adiga, Benjamin Hurt, Gursharn Kaur, Bryan Lewis, Madhav Marathe, Srinivasan Venkatramanan, P. J. Butler, Andrew Farabow, Naren Ramakrishnan, Nikhil Muralidhar, Carrie Reed, Matthew Biggerstaff, Rebecca K. Borchering

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueInfluenza Virus Research Studies
Établissements canadiensSanofi (Canada)University of GuelphUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesLos Alamos National LaboratoryNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of General Medical SciencesCenters for Disease Control and PreventionResearch Institute, Georgia Institute of TechnologyVirginia Department of HealthLaboratory Directed Research and DevelopmentCouncil of State and Territorial EpidemiologistsNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesNational Science Foundation
Mots-clésSeasonal influenzaBaseline (sea)Probabilistic logicConfidence intervalStatisticsPublic healthInterval (graph theory)Forecast skillMedicineEconometricsCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Internal medicineMathematicsBiologyInfectious disease (medical specialty)Pathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Accurate forecasts can enable more effective public health responses during seasonal influenza epidemics. For the 2021–22 and 2022–23 influenza seasons, 26 forecasting teams provided national and jurisdiction-specific probabilistic predictions of weekly confirmed influenza hospital admissions for one-to-four weeks ahead. Forecast skill is evaluated using the Weighted Interval Score (WIS), relative WIS, and coverage. Six out of 23 models outperform the baseline model across forecast weeks and locations in 2021–22 and 12 out of 18 models in 2022–23. Averaging across all forecast targets, the FluSight ensemble is the 2 nd most accurate model measured by WIS in 2021–22 and the 5 th most accurate in the 2022–23 season. Forecast skill and 95% coverage for the FluSight ensemble and most component models degrade over longer forecast horizons. In this work we demonstrate that while the FluSight ensemble was a robust predictor, even ensembles face challenges during periods of rapid change.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,480
Score d'incertitude au seuil0,567

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,098
Tête enseignante GPT0,415
Écart entre enseignants0,317 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations56
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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