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Enregistrement W4401277234 · doi:10.3389/fcell.2024.1448209

The fragile X proteins’ enigma: to be or not to be nucleolar

2024· article· en· W4401277234 sur OpenAlexaff
Édouard W. Khandjian, Tom Moss, Timothy M. Rose, Claude Robert, Laëtitia Davidovic

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Cell and Developmental Biology · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCell biologyBiologyMolecular biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The contextThe Fragile X Messenger Ribonucleoprotein (FMRP, previously referred to as Fragile Mental Retardation Protein, see comments in Khandjian et al. (2022) is an RNA-binding protein whose mutations or absence cause Fragile X Syndrome (FXS).FMRP is mainly found in the cytoplasm and has been implicated in translation regulation.It has also been suggested to be present in the nucleolus and have a function in ribosome biogenesis.Here we wish to critically survey the data supporting this potentially important secondary function.FMRP is the archetype of a family of cytoplasmic RNA-binding proteins that includes the Fragile X related proteins FXR1P and FXR2P.The primary transcripts of the FMR1 and FXR1, genes undergo alternative splicing processes (Ashley et al., 1993;Verkerk et al., 1993;Sittler et al., 1996;Kirkpatrick et al., 1999), resulting in multiple protein isoforms.Twelve FMRP isoforms have been detected, nine for FXR1P and one for FXR2P.Members of the Fragile X protein family are widely expressed in human tissues and in other mammals, albeit at varying levels, and expression of their isoforms is subtly choreographed (Davidovic et al., 2006a).FMRP is highly abundant in brain and testis but is absent in striated muscles.FXR1P is strongly expressed in striated muscle and testis and lower levels are detected in the brain.FXR2P expression remains almost constant in all organs and tissues.While the FMR1 gene is present on chromosome X, FXR1 and FXR2 are autosomal genes present on chromosome 12 and 17, respectively.In humans, mutations in the FMR1 gene are the cause of FXS, a neurodevelopmental disorder that is characterized by development delay, intellectual disability, and in some cases autism spectrum disorders.FXS clinical presentation is highly heterogenous.FXS also affects peripheral tissues with patients exhibiting large everted ears, long face, increased cranial circumference, hypotonia, hyperlaxity of ligaments and macroorchidism (Hagerman et al., 2017).The most prevailing hypothesis regarding the physiopathology of FXS is that the absence of functional FMRP causes dysregulation of translation (Bassell and Warren, 2008;Darnell, 2011;Richter and Zhao, 2021).FXR1P is essential for muscle development (Mientjes et al., 2004;Huot et al., 2005) and recessive mutations in the muscle specific long isoform of FXR1P cause congenital multi-minicore myopathy in human and mice (Estañ et al., 2019), possibly by altering translation since FXR1P has been involved in translation regulation (Garnon et al., 2005;Huot et al., 2005;Vasudevan and Steitz, 2007).FXR2P is the least studied among the FXR proteins and, although it is also associated with

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,023

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,005
Communication savante0,0030,007
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0040,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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