The fragile X proteins’ enigma: to be or not to be nucleolar
Notice bibliographique
Résumé
The contextThe Fragile X Messenger Ribonucleoprotein (FMRP, previously referred to as Fragile Mental Retardation Protein, see comments in Khandjian et al. (2022) is an RNA-binding protein whose mutations or absence cause Fragile X Syndrome (FXS).FMRP is mainly found in the cytoplasm and has been implicated in translation regulation.It has also been suggested to be present in the nucleolus and have a function in ribosome biogenesis.Here we wish to critically survey the data supporting this potentially important secondary function.FMRP is the archetype of a family of cytoplasmic RNA-binding proteins that includes the Fragile X related proteins FXR1P and FXR2P.The primary transcripts of the FMR1 and FXR1, genes undergo alternative splicing processes (Ashley et al., 1993;Verkerk et al., 1993;Sittler et al., 1996;Kirkpatrick et al., 1999), resulting in multiple protein isoforms.Twelve FMRP isoforms have been detected, nine for FXR1P and one for FXR2P.Members of the Fragile X protein family are widely expressed in human tissues and in other mammals, albeit at varying levels, and expression of their isoforms is subtly choreographed (Davidovic et al., 2006a).FMRP is highly abundant in brain and testis but is absent in striated muscles.FXR1P is strongly expressed in striated muscle and testis and lower levels are detected in the brain.FXR2P expression remains almost constant in all organs and tissues.While the FMR1 gene is present on chromosome X, FXR1 and FXR2 are autosomal genes present on chromosome 12 and 17, respectively.In humans, mutations in the FMR1 gene are the cause of FXS, a neurodevelopmental disorder that is characterized by development delay, intellectual disability, and in some cases autism spectrum disorders.FXS clinical presentation is highly heterogenous.FXS also affects peripheral tissues with patients exhibiting large everted ears, long face, increased cranial circumference, hypotonia, hyperlaxity of ligaments and macroorchidism (Hagerman et al., 2017).The most prevailing hypothesis regarding the physiopathology of FXS is that the absence of functional FMRP causes dysregulation of translation (Bassell and Warren, 2008;Darnell, 2011;Richter and Zhao, 2021).FXR1P is essential for muscle development (Mientjes et al., 2004;Huot et al., 2005) and recessive mutations in the muscle specific long isoform of FXR1P cause congenital multi-minicore myopathy in human and mice (Estañ et al., 2019), possibly by altering translation since FXR1P has been involved in translation regulation (Garnon et al., 2005;Huot et al., 2005;Vasudevan and Steitz, 2007).FXR2P is the least studied among the FXR proteins and, although it is also associated with
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,005 |
| Communication savante | 0,003 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».