H3K36 Methylation - a Guardian of Epigenome Integrity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract H3K36 methylation is emerging as a key epigenetic modification with strong implications in genetic disease and cancer. However, the mechanisms through which H3K36me impacts the epigenome and asserts its functional consequences are far from understood. Here, we use mouse mesenchymal stem cell lines with successive knockouts of the H3K36 methyltransferases: NSD1, NSD2, SETD2, NSD3, and ASH1L, which result in progressive depletion of H3K36me and its complete absence in quintuple knockout cells, to finely dissect the role of H3K36me2 in shaping the epigenome and transcriptome. We show that H3K36me2, which targets active enhancers, is important for maintaining enhancer activity, and its depletion results in downregulation of enhancer-dependent genes. We demonstrate the roles of H3K36me2/3 in preventing the invasion of gene bodies by the repressive H3K27me modifications. Finally, we observe a previously undescribed relationship between H3K36me and H3K9me3: Following the depletion of H3K36me2, H3K9me3 is redistributed away from large heterochromatic domains and towards euchromatin. This results in a drastic decompartmentalization of the genome, weakening the boundaries between active and inactive compartments, and a catastrophic loss of long-range inter-compartment interactions. By studying cells totally devoid of H3K36 methyltransferase activity, we uncover a broad range of crucial functions of H3K36me in maintaining epigenome integrity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».