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Enregistrement W4401600518 · doi:10.21105/joss.06877

PyNeuroTrace - Python code for neural activity timeseries

2024· article· en· W4401600518 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Open Source Software · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueNeural dynamics and brain function
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésComputer sciencePython (programming language)Artificial neural networkSignal processingBiological neural networkArtificial intelligencePattern recognition (psychology)Biological systemMachine learningBiologyDigital signal processingComputer hardware

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Modern techniques for measuring neuronal activity using fluorescent biosensors and ultra-fast microscopy have allowed neuroscientists unprecedented access to neural information processing in vivo.The time series datasets generated from experiments sampling somatic action potentials from populations of neurons, or full-dendritic arbor sampling of populations of synapses, are becoming increasingly larger as new technologies allow for faster acquisition rates and higher temporal resolution of neural signals.Neuronal activities are sourced from an ever-expanding library of fluorescent indicators of distinct measures, including detectors of calcium, membrane voltage, and a range of neurotransmitters and neuromodulators.These biosensors are impacted by their unique molecular kinetics and inherent signal-to-noise properties.The quality of neural signal data sets are also impacted by acquisition instruments, which differ in sensitivity and sampling rate.All of these features, including underlying neural signals, biosensor properties, and microscope capabilities, must be considered during post-imaging signal processing with techniques that can scale to the size of modern neural datasets.To address this problem, here, we describe pyNeuroTrace, an open-source Python library developed to aid in processing neuronal signals from large fluorescent biosensor data sets, which allows dynamic control of filtering and signal processing with these unique aspects in mind before analyses of the underlying neuronal activity can be conducted.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,560
Score d'incertitude au seuil0,551

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,060
Tête enseignante GPT0,329
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle