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Enregistrement W4401631765 · doi:10.22215/etd/2024-16062

Decoding Translational Control and Gene Expression

2024· dissertation· en· W4401631765 sur OpenAlexaff
Sara Takalloo

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRedox biology and oxidative stress
Établissements canadiensCarleton University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCell biologyOxidative stressContext (archaeology)Reactive oxygen speciesBiologyTranscription factorMitochondrionOxidative phosphorylationGeneBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The optimal growth and functionality of organisms are fundamentally dependent on maintaining a robust physiological equilibrium within their cells.To sustain this balance, organisms have evolved intricate regulatory mechanisms designed to preserve intracellular homeostasis, even in the face of continuous variations in both intra-and extracellular environments.Within this context, oxidative stress presents a substantial challenge, significantly disrupting the cellular redox equilibrium and thus posing a threat to cellular stability.Reactive oxygen species (ROS) stand as one of the most potent forms of cellular stressors, embodying a paradoxical role within biological systems.They are both detrimental, causing oxidative damage to crucial cellular components, and beneficial, serving as essential contributors to innate immunity and cellular regulation.This duality underscores the importance of maintaining a critical balance in ROS production and neutralization, a balance that is foundational to cellular health.One of the most prevalent forms of ROS is hydrogen peroxide (H 2 O 2 ), primarily generated by the electron transport chain within the mitochondria.A multitude of genes have been identified as critical to the cellular detoxification process.Among these, yeast YAP1, homologous to the mammalian AP-1 type transcription factors, plays a pivotal role in oxidative detoxification.It achieves this by enhancing the expression of antioxidant genes in yeast, thereby actively contributing to the cell defense against oxidative stress.The current study uncovers new roles for COX5A, NPR3, CDA2, NCE102, and BCS1 in the context of H 2 O 2 -induced stress by demonstrating that their deletions result in increased sensitivity to oxidative stress condition.Further investigations linked the functions of these candidate genes directly to the regulation of YAP1 expression under oxidative stress.We demonstrated that these genes are crucial for facilitating the IRES-mediated translation of YAP1, especially under conditions where cap-dependent translation is compromised.This underscores their vital contribution to enhancing cellular defense mechanisms against oxidative stress.v I also want to thank the graduate office students for making studying fun and joyful.A special thanks to Caroline, Jess, Mina, Risham, Amarachi, and others for their friendship and spirit that made our academic journey memorable.Their presence made the tough days and challenges much more enjoyable. I also want to extend my gratitude to my

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,019

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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