Proteome profiling reveals opportunities to investigate biomarkers of oxidative stress and immune responses in blubber biopsies from free-ranging baleen whales
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Over 25% of cetacean species worldwide are listed as critically endangered, endangered or vulnerable by the International Union for Conservation of Nature. Objective and widely applicable tools to assess cetacean health are therefore vital for population monitoring and to inform conservation initiatives. Novel blubber biomarkers of physiological state are examples of such tools that could be used to assess overall health. Proteins extracted from blubber likely originate from both the circulation and various cell types within the tissue itself, and their expression is responsive to signals originating from other organs and the nervous system. Blubber proteins can therefore capture information on physiological stressors experienced by individuals at the time of sampling. For the first time, we assess the feasibility of applying shotgun proteomics to blubber biopsy samples collected from free-ranging baleen whales. Samples were collected from minke whales (Balaenoptera acutorostrata) (n = 10) in the Gulf of St Lawrence, Canada. Total protein was extracted using a RIPA cell lysis and extraction buffer-based protocol. Extracted proteins were separated and identified using nanoflow Liquid Chromatography Electrospray Ionization in tandem with Mass Spectrometry. We mapped proteins to known biological pathways and determined whether they were significantly enriched based on the proteome profile. A pathway enrichment map was created to visualize overlap in tissue-level biological processes. Amongst the most significantly enriched biological pathways were those involved in immune system function: inflammatory responses, leukocyte-mediated immunity and the humoral immune response. Pathways associated with responses to oxidative stress were also enriched. Using a suite of such protein biomarkers has the potential to better assess the overall health and physiological state of live individuals through remote biopsy sampling. This information is vital for population health assessments to predict population trajectories, and ultimately guide and monitor conservation priorities and initiatives.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».