Comparative genome analysis and the genome-shaping role of long terminal repeat retrotransposons in the evolutionary divergence of fungal pathogens <i>Blastomyces dermatitidis</i> and <i>Blastomyces gilchristii</i>
Notice bibliographique
Résumé
Blastomyces dermatitidis and Blastomyces gilchristii are cryptic species of fungi that cause blastomycosis, an often severe disease involving pulmonary infection capable of systemic dissemination. While these species appear morphologically identical, differences exist in the genetic makeup, geographical range, and possibly the clinical presentation of infection. Here, we show genetic divergence between the cryptic species through both a Blastomyces species tree constructed from orthologous protein sequences and whole genome single-nucleotide variant phylogenomic analysis. Following linked-read sequencing and de novo genome assembly, we characterized and compared the genomes of 3 B. dermatitidis and 3 B. gilchristii isolates. The B. gilchristii genomes (73.25-75.4 Mb) were ∼8 Mb larger than the B. dermatitidis genomes (64.88-66.61 Mb). Average nucleotide identity was lower between genomes of different species than genomes of the same species, yet functional classification of genes suggested similar proteomes. The most striking difference involved long terminal repeat retrotransposons. Although the same retrotransposon elements were detected in the genomes, the quantity of elements differed between the 2 species. Gypsy retrotransposon content was significantly higher in B. gilchristii (38.04-39.26 Mb) than in B. dermatitidis (30.85-32.40 Mb), accounting for the majority of genome size difference between species. Age estimation and phylogenetic analysis of the reverse transcriptase domains suggested that these retrotransposons are relatively ancient, with genome insertion predating the speciation of B. dermatitidis and B. gilchristii. We postulate that different trajectories of genome contraction led to genetic incompatibility, reproductive isolation, and speciation, highlighting the role of transposable elements in fungal evolution.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».