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Enregistrement W4401746461 · doi:10.1002/1873-3468.15003

Structural basis of sugar recognition by <scp> SCF <sup>FBS2</sup> </scp> ubiquitin ligase involved in <scp>NGLY1</scp> deficiency

2024· article· en· W4401746461 sur OpenAlexfundno aff
Tadashi Satoh, Maho Yagi‐Utsumi, Nozomi Ishii, Tsunehiro Mizushima, Hirokazu Yagi, Ryuichi Kato, Yuriko Tachida, Hiroaki Tateno, Ichiro Matsuo, Koichi Kato, Tadashi Suzuki, Yukiko Yoshida

Notice bibliographique

RevueFEBS Letters · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic function and diabetes
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesExploratory Research Center on Life and Living Systems, National Institutes of Natural SciencesCore Research for Evolutional Science and TechnologyInstitute for Protein Research, Osaka UniversityCanadian Glycomics NetworkJapan Society for the Promotion of ScienceMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyJapan Agency for Medical Research and Development
Mots-clésSugarFood scienceUbiquitin ligaseChemistryBiochemistryUbiquitin

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The cytosolic peptide: N ‐glycanase (PNGase) is involved in the quality control of N ‐glycoproteins via the endoplasmic reticulum‐associated degradation (ERAD) pathway. Mutations in the gene encoding cytosolic PNGase ( NGLY1 in humans) cause NGLY1 deficiency. Recent findings indicate that the F‐box protein FBS2 of the SCF FBS2 ubiquitin ligase complex can be a promising drug target for NGLY1 deficiency. Here, we determined the crystal structure of bovine FBS2 complexed with the adaptor protein SKP1 and a sugar ligand, Man 3 GlcNAc 2 , which corresponds to the core pentasaccharide of N ‐glycan. Our crystallographic data together with NMR data revealed the structural basis of disparate sugar‐binding specificities in homologous FBS proteins and identified a potential druggable pocket for in silico docking studies. Our results provide a potential basis for the development of selective inhibitors against FBS2 in NGLY1 deficiency.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,353
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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