MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4401812508 · doi:10.1094/pdis-01-24-0252-pdn

First Report of Tobacco Mild Green Mosaic Virus on Eggplants in Reunion Island

2024· article· en· W4401812508 sur OpenAlexaboutno aff
Jean‐Michel Lett, M. Hoareau, Babbitha Fenelon, Pierre Lefeuvre, E. Parvedy, Clarisse Clain, Estelle Roux, Janice Minatchy, Nathalie Cassam, Aude Chabirand, Laëtitia Porcher, Mathieu Rolland

Notice bibliographique

RevuePlant Disease · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Virus Research Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyTobacco mosaic virusMosaicPlant virusVirologyMosaic virusBotanyVirus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In February and March 2023, unusual virus-like disease symptoms such as mild mosaic and yellowing were observed on eggplant (Solanum melongena) leaves in a field plot of 233 m2 in size located in the locality of St. Paul in Reunion Island (20°58.394′S, 55°19.019′E). The eggplant field showed a disease incidence of approximately 50%. The recent description of emerging tobamoviruses on solanaceous plants in several parts of the world (Salem et al. 2023), including the sister island of Mauritius (Maudarbaccus et al. 2021), suggested the possible involvement of a tobamovirus. To identify the potential agent(s) causing these symptoms, samples from eight symptomatic plants were collected, dehydrated, and subjected to total RNA extraction using the RNeasy Plant Extraction Kit (Qiagen, France). The presence of tobamoviruses was tested by RT-PCR using generic primers designed to amplify a fragment of the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) of tobamoviruses, which was previously shown to detect 32 tobamoviruses (Li et al. 2018). RT-PCR amplicons of the expected size (880 bp) were obtained from six samples and subjected to direct sequencing in both directions. BLASTn analysis showed that all six assembled nucleotide sequences (GenBank accession nos. PP198308 to PP198313) were very similar to each other (>98.8%) and shared 98.2 to 99.8% similarity to tobacco mild green mosaic virus (TMGMV) genome sequences (GenBank accession nos. MW012408, OK149280, and OK558783) described on pepper (Capsicum annuum L.) in Vietnam (Choi et al. 2020) and tobacco (Nicotiana spp.) in Turkey and Canada, respectively. To obtain a full genome sequence of a Reunion isolate of TMGMV, Illumina RNA sequencing was performed by GeneWiz (Leipzig, Germany) following ribodepletion. A total of ∼54M 2 × 150-nt paired-end reads was obtained. A partial genome sequence of 5,687 nucleotides of the TMGMV isolate Reunion-C23-180-St-Paul-2023 (GenBank accession no. PP198314) was assembled using SPAdes v3.13 (Bankevitch et al. 2012) with a mean position coverage of ∼885,000. The sequence shares the highest nucleotide identity (98.8%) with the isolate “U2” of TMGMV collected in Canada in 2001. Maximum-likelihood phylogenetic analysis confirms that the Reunionese isolate of TMGMV is closely related to isolates of TMGMV from several countries from different continents collected on different solanaceous plants. To confirm that these diseased eggplants were infected by TMGMV, the six positive samples were inoculated into 2-week-old healthy eggplants and tobacco (Nicotiana tabacum cv. Xanthi) plants using mechanical inoculation, according to Ogwok et al. (2010). Two weeks later, mild mosaic symptoms on eggplants (16/16) and tobacco (6/16) were observed on the leaves of the inoculated plants. Moreover, the presence of TMGMV genomic RNA on the symptomatic leaves of the inoculated plants was confirmed by RT-PCR. To our knowledge, this is the first report of TMGMV infecting eggplants in Reunion. Since tobamoviruses are seed-transmitted (Salem et al. 2022), this description represents a first warning signal about the risk of introducing in Reunion Island the highly infectious and rapidly spreading tomato brown rugose fruit virus, which represents a major threat for many tomato growing regions of the world (Salem et al. 2023).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,027
Score d'incertitude au seuil0,055

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuePlant DiseaseMême sujetPlant Virus Research StudiesTravaux en français237 207