Deciphering the complete plastid genome of an endemic monotypic species <i>Kostermansia malayana</i> (Malvaceae) from Peninsular Malaysia: structural comparative genomics and phylogenomic placement
Notice bibliographique
Résumé
Kostermansia malayana Soegeng, a species of Malvaceae endemic to the Malay Peninsula, is threatened by its rare flowering rate and habitat loss due to agriculture land conversion. The species is currently listed as “Vulnerable” on the International Union for Conservation of Nature Red List of Threatened Species. To expand genomic information, the study characterised its plastid genome (plastome) and conducted genome comparative and phylogenetic analyses with other selected species of Malvaceae. The quadripartite-structured plastome was 161 750 bp long and contained 83 protein-coding genes (PCGs), 37 tRNA genes, and eight rRNA genes. The overall GC content was 36.3%. Repeat analyses revealed 49 large repeats and 205 simple sequence repeats. A high preference for A/U-ended amino acids was found. Eight and nine PCGs were positively selected when compared to Coelostegia griffithii Benth. & Hook.f. and Reevesia thyrsoidea Lindl., respectively. A notable degree of collinearity was identified between the plastomes of K. malayana and six selected taxa of Helicteroideae. The phylogenetic tree reconstruction based on the concatenated PCG dataset showed a nearly well-resolved relationship within Malvaceae, with K. malayana placed under the Helicteroideae clade. The genomic data will provide a basis for future studies on the genetic conservation, phylogenetics, and evolutionary patterns of Durioneae and Malvaceae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».