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Enregistrement W4402172464 · doi:10.1038/s41588-024-01874-9

In vivo CRISPR screens identify a dual function of MEN1 in regulating tumor–microenvironment interactions

2024· article· en· W4402172464 sur OpenAlexafffund
Peiran Su, Yin Liu, Tianyi Chen, Yibo Xue, Yong Zeng, Guanghui Zhu, Sujun Chen, Mona Teng, Xinpei Ci, Mengdi Guo, Michael Y. He, Jun Hao, Vivian Chu, Wenxi Xu, Shiyan Wang, Parinaz Mehdipour, Xin Xu, Sajid A. Marhon, Fraser Soares, Nhu‐An Pham, Bell Xi Wu, Peter Her, Shengrui Feng, Najd Alshamlan, Maryam Khalil, Rehna Krishnan, Fangyou Yu, Chang Chen, Francis Burrows, Razqallah Hakem, Mathieu Lupien, Shane M. Harding, Benjamin H. Lok, Catherine O′Brien, Alejandro Berlín, Daniel D. De Carvalho, David G. Brooks, Daniel Schramek, Ming‐Sound Tsao, Housheng Hansen He

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiquePhagocytosis and Immune Regulation
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoUniversity Health Network
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchTerry Fox Research InstituteNational Natural Science Foundation of ChinaGovernment of CanadaPrincess Margaret Cancer Foundation
Mots-clésBiologyMEN1CRISPRTumor microenvironmentFunction (biology)In vivoDual functionComputational biologyGeneticsCancer researchCell biologyCancerGeneMultiple endocrine neoplasiaComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Functional genomic screens in two-dimensional cell culture models are limited in identifying therapeutic targets that influence the tumor microenvironment. By comparing targeted CRISPR–Cas9 screens in a two-dimensional culture with xenografts derived from the same cell line, we identified MEN1 as the top hit that confers differential dropout effects in vitro and in vivo. MEN1 knockout in multiple solid cancer types does not impact cell proliferation in vitro but significantly promotes or inhibits tumor growth in immunodeficient or immunocompetent mice, respectively. Mechanistically, MEN1 knockout redistributes MLL1 chromatin occupancy, increasing H3K4me3 at repetitive genomic regions, activating double-stranded RNA expression and increasing neutrophil and CD8+ T cell infiltration in immunodeficient and immunocompetent mice, respectively. Pharmacological inhibition of the menin–MLL interaction reduces tumor growth in a CD8+ T cell-dependent manner. These findings reveal tumor microenvironment-dependent oncogenic and tumor-suppressive functions of MEN1 and provide a rationale for targeting MEN1 in solid cancers. Loss of MEN1 affects tumor growth, varing with the components of the tumor microenvironment. These tumors show redistribution of MLL1 on chromatin and the activation of a viral mimicry response.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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