Subclass IId bacteriocins targeting mannose phosphotransferase system—Structural diversity and implications for receptor interaction and antimicrobial activity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The bacterial mannose phosphotransferase system (Man-PTS) mediates uptake of selected monosaccharides. Simultaneously, it is a receptor for diverse bacteriocins such as subclass IIa pediocin-like bacteriocins and some subclass IId ones (garvicins ABCQ, lactococcins ABZ, BacSJ, ubericin K, and angicin). So far, no attempt has been made to categorize this ever-expanding group of bacteriocins. Here, we identified Man-PTS as a receptor for a number of previously uncharacterized bacteriocins, and demonstrated that they all belong to a large family of Man-PTS-binding nonpediocin-like peptides, providing new insights into their structure and function. Based on amino acid sequence similarities between members of this family, we propose their classification into five groups. This classification conveniently distinguishes bacteriocins with specific structures and properties regarding their spectrum of antimicrobial activity and pattern of interaction with Man-PTS. With respect to the latter, we indicate individual amino acid residues or regions of Man-PTS and the bacteriocin responsible for their interaction. In Man-PTS, these residues localize to the exterior of the transport complex, specifically the extracellular loop of the so-called Vmotif domain-containing regions γ and/or γ+, and to the interior of the transport complex, specifically the interface between the Core and Vmotif domains. Finally, we propose that while the bacteriocins from separate groups display specific binding patterns to Man-PTS, the general mechanism of their interaction with the receptor is universal despite significant differences in their predicted structures, i.e. after initial docking on the bacterial cell through an interaction with the Man-PTS regions γ and/or γ+, they pull away its Core and Vmotif from one another to form a pore across the membrane.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».