PSX-6 Genome-wide association study on hippocampal biomarkers of cumulative affective experience in chicken layers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Recurring stress, which can be termed a negative cumulative affective experience has numerous detrimental phenotypic impacts on poultry welfare. Consequently, this negative experience could lead to reduced productivity. Biomarkers that serve as indicators of cumulative affective experience have been found through the density of highly plastic neurons in the hippocampus. There is limited published research on biomarkers of cumulative affective experience in poultry. Therefore, identifying genomic regions associated with the biomarkers of poultry susceptible or resistant to the negative affective experience could aid in creating more efficient and sustainable farming practices. For this study, H&N and Hy-Line Brown hens (n = 42) housed in a multi-tier free range and enriched cage system, respectively, were available. All hens were genotyped with a proprietary 200K SNP panel and phenotypic data were collected from brain tissue sections stained using an antibody to doublecortin (DCX), which was used to quantify densities of highly plastic neurons in the hippocampus. A genome-wide association study (GWAS) was used to detect genomic regions associated with biomarkers of cumulative affective experience in poultry. The GWAS results found a total of 19 regions from 8 chromosomes with a comparatively high proportion of genetic variance explained, which is associated with the cumulative affective experience. From these regions, 39 different genes were found to be within 100 kb upstream and downstream of the identified regions. These genes were examined for their biological function and role in the cumulative affective experience. The identified genes are associated with cellular processes and genetic information processing. Of the genes, PIKR6, VPS37D, STX1A, BAZ1B, HGH1, MAF, MAPK15, PIT54 were identified as important candidate genes for the cumulative affective experience. Notably, the identified gene, PIK3R6, overlapped with previously reported genes for the stress response in chickens. These identified genes with association to the hippocampal neural density serve as potential candidate genes underlying the cumulative affective experience in poultry. This study shows that genomic regions associated with cumulative affective experience can be detected and help to provide insight into the genetic architecture of the trait.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».