334 Metagenomic- and culture-based characterization of the ocular microbiome in cattle with infectious bovine keratoconjunctivitis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pinkeye, clinically known as infectious bovine keratoconjunctivitis (IBK), is one of the most highly contagious diseases impacting cattle at all ages. Despite extensive use of antibiotics and vaccines targeting Moraxella bovis, the primary IBK pathogen, the incidence of pinkeye has been increasing in North American beef cow-calf operations. This highlights the incomplete understanding of the pathogenesis of this disease and the need for novel and alternative approaches to control IBK. The objectives of this study were to: 1) characterize the ocular microbiome of beef cattle with and without IBK using shotgun metagenomic sequencing; 2) investigate the genetic diversity of M. bovis, Moraxella bovoculi, and commensal ocular bacterial isolates; 3) evaluate whether selected ocular probiotic candidate strains inhibit Moraxella pathogen growth in the presence of the ocular microbiome in culture using qPCR. A total of 143 ocular swabs were collected from cattle with (n = 102) or without IBK (n = 42) and before antibiotic treatment from beef herds across North Dakota, USA. Fifty samples from IBK (n = 38) and healthy cattle (n = 12) were also subjected to shotgun metagenomic sequencing. Seven bacterial species were relatively more abundant (P < 0.05) in the healthy cattle ocular microbiome including Bifidobacterium globosum, Bacillus licheniformis, Pasteurella multocida, Ruminococcus sp900316555, and Ruminococcus sp900100595. Arthrobacter luteus was the only bacterial species significantly associated with IBK-affected cattle. From the metagenomes, 37 high-quality dereplicated metagenome-assembled genomes (MAGs) were recovered, nearly a third of which were identified as Mesomycoplasma bovoculi (n = 10). M. bovis (n = 5) and M. bovoculi (n = 13) were also isolated from the ocular swabs of both healthy and IBK-affected cattle. These isolates represented 9 M. bovoculi and 5 M. bovis strains (average nucleotide identity < 99.99%). We also isolated and sequenced several potentially beneficial bacterial species from healthy cattle including Bacillus pumilus, Lactiplantibacillus plantarum, Lentilactobacillus buchneri, Levilactobacillus brevis, and Weizmannia coagulans. Four of these probiotic candidates were also tested for their inhibitory effects against M. bovoculi in co-culture with the ocular microbiome after 24 h incubation using qPCR. The B. pumilus, L. buchneri, L. plantarum, and W. coagulans strains, as well as a mixture of all four isolates, significantly reduced the growth of Moraxella. In summary, our results provide important information on the culturable and non-culturable fraction of the bovine ocular microbiome potentially associated with IBK and suggest that certain bacterial species in the eye may inhibit the growth of Moraxella spp.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».