Methodology for Biological Sample Collection, Processing, and Storage in the Newcastle 1000 Pregnancy Cohort: Protocol for a Longitudinal, Prospective Population-Based Study in Australia
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Research in the developmental origins of health and disease provides compelling evidence that adverse events during the first 1000 days of life from conception can impact life course health. Despite many decades of research, we still lack a complete understanding of the mechanisms underlying some of these associations. The Newcastle 1000 Study (NEW1000) is a comprehensive, prospective population-based pregnancy cohort study based in Newcastle, New South Wales, Australia, that will recruit pregnant women and their partners at 11-14 weeks' gestation, with assessments at 20, 28, and 36 weeks; birth; 6 weeks; and 6 months, in order to provide detailed data about the first 1000 days of life to investigate the developmental origins of noncommunicable diseases. OBJECTIVE: The study aims to provide a longitudinal multisystem approach to phenotyping, supported by robust clinical data and collection of biological samples in NEW1000. METHODS: This manuscript describes in detail the large variety of samples collected in the study and the method of collection, storage, and utility of the samples in the biobank, with a particular focus on incorporation of the samples into emerging and novel large-scale "-omics" platforms, including the genome, microbiome, epigenome, transcriptome, fragmentome, metabolome, proteome, exposome, and cell-free DNA and RNA. Specifically, this manuscript details the methods used to collect, process, and store biological samples, including maternal, paternal, and fetal blood, microbiome (stool, skin, vaginal, oral), urine, saliva, hair, toenail, placenta, colostrum, and breastmilk. RESULTS: Recruitment for the study began in March 2021. As of July 2024, 1040 women and 684 partners were enrolled, with 922 infants born. The NEW1000 biobank contains 24,357 plasma aliquots from ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) tubes, 5284 buffy coat aliquots, 4000 plasma aliquots from lithium heparin tubes, 15,884 blood serum aliquots, 2977 PAX RNA tubes, 26,595 urine sample aliquots, 2280 fecal swabs, 17,687 microbiome swabs, 2356 saliva sample aliquots, 1195 breastmilk sample aliquots, 4007 placental tissue aliquots, 2680 hair samples, and 2193 nail samples. CONCLUSIONS: NEW1000 will generate a multigenerational, deeply phenotyped cohort with a comprehensive biobank of samples relevant to a large variety of analyses, including multiple -omics platforms. INTERNATIONAL REGISTERED REPORT IDENTIFIER (IRRID): DERR1-10.2196/63562.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,042 | 0,046 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,045 | 0,014 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».