Transcriptomic responses to hypoxia in two populations of eastern oyster with differing tolerance
Notice bibliographique
Résumé
The eastern oyster, Crassostrea virginica , is a keystone species native to the Gulf of Mexico and Atlantic coasts of the United States and Canada. It provides habitat for other marine organisms and makes up the majority of oyster production in the United States. Despite its tolerance to hypoxic conditions, C. virginica is threatened by anthropogenic climate change, which is increasing both average temperature and the frequency and severity of hypoxic events. In this study, we explore the differences in hypoxia-transcriptional response between two populations of eastern oysters with known differences in hypoxia tolerance at three time points over the course of a 5-day hypoxia treatment. We identified sets of genes involved in the hypoxia response and found differences in both the timing and baseline expression of hypoxia-responsive genes between tolerant and sensitive populations, consistent with a scenario of local adaptation. Analysis of differential gene expression between the two populations and conditions revealed two gene modules with higher baseline expression of hypoxia-sensitive genes in the more hypoxia tolerant population. Key GO terms for genes corresponding to differences between populations include DNA repair, ribosome biogenesis, and ribonucleotide binding. Our results imply that differences in hypoxia tolerance between populations could be due to genetic frontloading of hypoxia response pathways in the more tolerant population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».