Phylogenomic diversity of archigregarine apicomplexans
Notice bibliographique
Résumé
Gregarines are a large and diverse subgroup of Apicomplexa, a lineage of obligate animal symbionts including pathogens such as Plasmodium , the malaria parasite. Unlike Plasmodium , however, gregarines are poorly studied, despite the fact that as early-branching apicomplexans they are crucial to our understanding of the origin and evolution of all apicomplexans and their parasitic lifestyle. Exemplifying this, the earliest branch of gregarines, the archigregarines, are particularly poorly studied: around 80 species have been described from marine invertebrates, but almost all of them were assigned to a single genus, Selenidium . Most are known only from light micrographs and largely unresolved rDNA phylogenies, where they exhibit a great deal of sequence variation, and fall into four subclades. To resolve the relationships within archigregarines, we sequenced 12 single-cell transcriptomes from species representing all four known subclades, as well as one blastogregarine (which frequently branch with Selenidium ). A 190-gene phylogenomic tree confirmed four maximally supported individual clades of archigregarines and blastogregarines. These clades are discrete and distantly related, and also correlate with host identity. We propose the establishment of three novel genera of archigregarines to reflect their phylogenetic diversity and host range, and nine novel species isolated from a range of marine invertebrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».