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Enregistrement W4402791359 · doi:10.1097/ede.0000000000001795

Characterization of Additive Gene–environment Interactions For Colorectal Cancer Risk

2024· article· en· W4402791359 sur OpenAlexafffund
Claire E. Thomas, Yi Lin, Michelle Kim, Eric S. Kawaguchi, Conghui Qu, Caroline Y. Um, Brigid M. Lynch, Bethany Van Guelpen, Robert Carreras‐Torres, Fränzel JB van Duijnhoven, Lori C. Sakoda, Peter T. Campbell, Yu Tian, Jenny Chang-Claude, Stéphane Bezieau, Arif Budiarto, Julie R. Palmer, Polly A. Newcomb, Graham Casey, Loïc Le Marchand, Marios Giannakis, Christopher I. Li, Andrea Gsur, Christina C. Newton, Mireia Obón‐Santacana, Victor Moreno, Pavel Vodička, Hermann Brenner, Michael Hoffmeister, Andrew J. Pellatt, Robert E. Schoen, Niki Dimou, Neil Murphy, Marc J. Gunter, Sergi Castellvı́-Bel, Jane C. Figueiredo, Andrew T. Chan, Mingyang Song, Li Li, D. Timothy Bishop, Stephen B. Gruber, James W. Baurley, Stephanie A. Bien, David V. Conti, Jeroen R. Huyghe, Anshul Kundaje, Yu‐Ru Su, Jun Wang, Temitope O. Keku, Michael O. Woods, Sonja I. Berndt, Stephen J. Chanock, Catherine M. Tangen, Alicja Wolk, Andrea N. Burnett‐Hartman, Anna H. Wu, Emily White, Matthew A.M. Devall, Virginia Díez‐Obrero, David A. Drew, Edward Giovannucci, Akihisa Hidaka, Andre E. Kim, Juan Pablo Lewinger, John L. Morrison, Jennifer Ose, Nikos Papadimitriou, Bens Pardamean, Anita R. Peoples, Edward Ruiz-Narváez, Anna Shcherbina, Mariana C. Stern, Xuechen Chen, Duncan C. Thomas, Elizabeth A. Platz, W. James Gauderman, Ulrike Peters, Li Hsu

Notice bibliographique

RevueEpidemiology · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesOffice of Research Infrastructure Programs, National Institutes of HealthNational Center for Advancing Translational SciencesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute on AgingNIHR Imperial Biomedical Research CentreInstituto de Salud Carlos IIINational Human Genome Research InstituteCancer Council VictoriaNational Health and Medical Research CouncilNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesWorld Cancer Research FundCanadian Institutes of Health ResearchCenters for Disease Control and PreventionNational Institutes of HealthFred Hutchinson Cancer Research CenterBiobanco VascoJunta de Castilla y LeónMedical Research CouncilServierWorld Health OrganizationXarxa de Bancs de Tumors de CatalunyaXunta de GaliciaGroupement des Entreprises Françaises dans la lutte contre le CancerCentre Hospitalier Universitaire de NantesMedizinische Universität GrazGrantová Agentura České RepublikyInstitut Gustave-RoussySchool of Public Health, Imperial College LondonDeutsche KrebshilfeAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroVetenskapsrådetHarvard T.H. Chan School of Public HealthKarolinska InstitutetMutuelle Générale de l'Education NationaleBundesministerium für Bildung und ForschungMinisterio de Economía y CompetitividadMinisterstvo Zdravotnictví Ceské RepublikyImperial College LondonGeneralitat de CatalunyaCancerfondenNational Cancer InstituteFundación Científica Asociación Española Contra el CáncerCanadian Cancer Society Research InstituteMarshfield Clinic Research FoundationInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleCentres de Recerca de CatalunyaConseil Régional des Pays de la LoireGénome QuébecSwedish Cancer FoundationDamon Runyon Cancer Research FoundationKarl-Franzens-Universität GrazUniverzita Karlova v PrazeMcGill UniversityAgència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de RecercaNational Institute for Health and Care ResearchDivision of Cancer Prevention, National Cancer InstituteUniversity of CambridgeUniversity of PittsburghJohns Hopkins UniversityLigue Contre le CancerDeutsches KrebsforschungszentrumAssociation Anne de Bretagne GenetiqueBrigham and Women's HospitalCancer Research UKAmerican Cancer SocietyU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésColorectal cancerGeneCancerOncologyMedicineComputational biologyGeneticsInternal medicineBiologyEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Colorectal cancer (CRC) is a common, fatal cancer. Identifying subgroups who may benefit more from intervention is of critical public health importance. Previous studies have assessed multiplicative interaction between genetic risk scores and environmental factors, but few have assessed additive interaction, the relevant public health measure. METHODS: Using resources from CRC consortia, including 45,247 CRC cases and 52,671 controls, we assessed multiplicative and additive interaction (relative excess risk due to interaction, RERI) using logistic regression between 13 harmonized environmental factors and genetic risk score, including 141 variants associated with CRC risk. RESULTS: There was no evidence of multiplicative interaction between environmental factors and genetic risk score. There was additive interaction where, for individuals with high genetic susceptibility, either heavy drinking (RERI = 0.24, 95% confidence interval [CI] = 0.13, 0.36), ever smoking (0.11 [0.05, 0.16]), high body mass index (female 0.09 [0.05, 0.13], male 0.10 [0.05, 0.14]), or high red meat intake (highest versus lowest quartile 0.18 [0.09, 0.27]) was associated with excess CRC risk greater than that for individuals with average genetic susceptibility. Conversely, we estimate those with high genetic susceptibility may benefit more from reducing CRC risk with aspirin/nonsteroidal anti-inflammatory drugs use (-0.16 [-0.20, -0.11]) or higher intake of fruit, fiber, or calcium (highest quartile versus lowest quartile -0.12 [-0.18, -0.050]; -0.16 [-0.23, -0.09]; -0.11 [-0.18, -0.05], respectively) than those with average genetic susceptibility. CONCLUSIONS: Additive interaction is important to assess for identifying subgroups who may benefit from intervention. The subgroups identified in this study may help inform precision CRC prevention.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,333
Score d'incertitude au seuil0,379

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,305 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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