Hidden syndinian and perkinsid infections in dinoflagellate hosts revealed by single-cell transcriptomics
Notice bibliographique
Résumé
Free-living core dinoflagellates are commonly infected by members of two parasitic clades that are themselves closely related to dinoflagellates, the marine alveolates and perkinsids. These parasites are abundant and ecologically important, but most species have been difficult to observe directly or cultivate, so our knowledge of them is usually restricted to environmental 18S rRNA gene sequences, as genome-scale molecular data are not available for most species. Here, we report the finding of several of these parasites infecting free-living dinoflagellates. Of the 14 infected host cells collected, only five were identified as containing parasites via light microscopy at the time of collection. Single-cell transcriptome sequencing yielded relatively high transcriptomic coverage for parasites as well as their hosts. Host and parasite homologs were distinguished phylogenetically, allowing us to infer a robust phylogenomic tree based on 192 genes. The tree showed one parasite belongs to an undescribed lineage that is sister to perkinsids, whereas the remainder are members of the syndinian clade within the marine alveolates. Close relatives of all these parasites have been observed in 18S rRNA gene surveys, but until now none had been linked to a specific host. These findings illustrate the efficacy of single-cell isolation and transcriptome sequencing as strategies for gaining deeper insights into the evolutionary history and host relationships of hidden single-celled parasites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».