The glia club: Validation of polarization biomarkers for human microglia (HMC3) using quantitative real time RT-qPCR
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Microglia are the primary immune cells of the brain and play critical roles in neurodevelopment, neuroprotection, the maintenance of homeostasis, and neurotoxicity. Classification of microglia polarization, however, remains contentious. Identifying suitable biomarkers for gene expression analysis of microglia polarization is crucial for characterizing the biological significance of microglia in health and disease. In this study, we use human microglia clone 3 (HMC3) cells to validate and test suitable internal controls ( GAPDH , PKM , 18S, ACTB, PGK1, TKT1, TPI1 ), homeostatic ( CD68, TGF-β, IBA1, BIN1, RGS10 ), proinflammatory ( IL-6, CXCL10, CCL5, SAA, IL-1β ) and anti-inflammatory ( CCL2, SOCS3, IL-10, CD200R1, ARG1 ) markers along with their transcriptional profiles upon interferon-gamma (IFN-γ) stimulation to characterize the microglia polarization spectrum. Our study is the first to present a comprehensive list of biomarkers with detailed methodology on gene selection, primer design, RT-qPCR parameters, and transcript abundance in baseline and polarized HMC3 cells. Our study will increase the rigor of gene expression analysis and target selection in a widely used brain macrophage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».