MétaCan
Menu
← Retour à la cohorte
Enregistrement W4402961953 · doi:10.1101/2024.09.27.615432

PEG Adjustment Enables Genome Transplantation Using <i>Mycoplasma Mycoides</i> Recipient

2024· preprint· en· W4402961953 sur OpenAlexafffund
Bogumil J. Karas, Nicolette G. Moreau, J. Craig Venter, Hamilton O. Smith, John I. Glass

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Science Foundation
Mots-clésMycoplasma mycoidesTransplantationBiologyGenomePEG ratioVirologyMicrobiologyMycoplasmaGeneticsMedicineGeneBusinessInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Pioneering advances in synthetic biology, initiated at the J. Craig Venter Institute, have enabled the creation of the first cell driven by synthetic genome and opened a new era of creating designer microbes. This technology offers far greater potential for genetic modification than traditional genome editing techniques and holds promise for the routine creation of synthetic cells as DNA synthesis costs decrease and genetic knowledge expands. Two essential technologies underpin this achievement: the ability to clone entire genomes in host organisms, such as Saccharomyces cerevisiae , and the successful transplant of these genomes into recipient cells to generate living organisms. In all previous work the recipient cell in genome transplantation experiments has been Mycoplasma capricolum . In this study, we explored the potential of using Mycoplasma mycoides strains as recipient cells for genome transplantation. By increasing polyethylene glycol (PEG) concentration from 5% to 10%, we successfully transplanted various M. mycoides strains using several M. mycoides recipient cells. Additionally, we demonstrated the ability to transplant M. capricolum genomes into M. mycoides recipient cells; although with lower efficiency compared to M. mycoides strains. These findings provide a modified transplantation protocol and likely get us closer to expanding genome transplantation to other bacterial species.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,203 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)→Même sujetBacteriophages and microbial interactions→Travaux en français237 207→