Activating transcription factor 4 plays a major role in shaping the transcriptional response to isoginkgetin in HCT116 cells
Notice bibliographique
Résumé
Activating transcription factor 4 (ATF4) plays a central role in the integrated stress response (ISR) and one overlapping branch of the unfolded protein response (UPR). We recently reported that the splicing inhibitor isoginkgetin (IGG) induced ATF4 protein along with several known ATF4-regulated transcripts in a response that resembled the ISR and UPR. However, the contribution of ATF4-dependent and -independent transcriptional responses to IGG exposure was not known. Here we used RNA-sequencing in HCT116 colon cancer cells and an isogenic subline lacking ATF4 to investigate the contribution of ATF4 to IGG-induced changes in gene expression. Approximately 85% of the IGG-responsive DEGs in HCT116 cells were also differentially expressed in response to the ER stressor thapsigargin (Tg) and these were enriched for genes associated with the UPR and ISR. Most of these were positively regulated by IGG with impaired responses in the ATF4-deficient cells. Nonetheless, there were DEGs that responded similarly in both cell lines. The ATF4-independent IGG-induced DEGs included several metal responsive transcripts encoding metallothionines and a zinc transporter. Taken together, the predominant IGG response was ATF4-dependent in these cells and resembled the UPR and ISR while a second less prominent response involved the ATF4-independent regulation of metal responsive mRNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».