Identification of a novel ephemerovirus in a water buffalo (<i>Bubalus bubalis</i> [Linnaeus, 1758])
Notice bibliographique
Résumé
Ephemeroviruses, belonging to the genus Ephemerovirus within the family Rhabdoviridae of the Mononegavirales, are non-segmented, negative-strand RNA viruses that infect artiodactyls and blood-sucking arthropods. Although recent advances in sequencing technology have facilitated the identification of novel ephemeroviruses, thereby expanding our understanding of this viral genus, their diversity remains elusive, as evidenced by phylogenetic gaps between currently known ephemeroviruses. In this study, we analyzed publicly available RNA-seq data and identified a novel ephemerovirus, tentatively named Punjab virus (PBV), in a water buffalo (Bubalus bubalis [Linnaeus, 1758]). We obtained two separate PBV contigs from the RNA-seq data; the first contig covers the N, P, and M genes, while the second contig covers the G, α, β, γ, and L genes. Together, these PBV contigs represent 99% of the estimated complete viral genome. Mapping analysis revealed a typical transcriptional gradient pattern commonly observed in mononegaviruses, suggesting that the water buffalo is the authentic host for PBV. Sequence comparisons with its closest relatives indicate that the newly identified virus meets the ICTV species demarcation criteria for sequence divergence. Thus, this study contributes to a deeper understanding of the diversity of ephemeroviruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».