<i>Vibrio</i> are a potential source of novel colistin-resistance genes in European coastal environments
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Colistin is a widespread last resort antibiotic for treatment of multidrug-resistant bacteria. The recent worldwide emergence of colistin resistance (Col-R) conferred by mcr -1 in human pathogens has raised concern, but the putative sources and reservoirs of novel mcr genes in the marine environment remain underexplored. We observed a high prevalence of Col-R, particularly in Vibrio isolated from European coastal waters by using a unique stock of specific-pathogen-free (SPF) oysters as a bioaccumulator. The high sequence diversity found in the mcr/ept A gene family was geographically structured, particularly for three novel eptA gene variants, which were restricted to the Mediterranean (France, Spain) and occurred as a dgk A- ept A operon controlled by the RstA/RstB two component system. By analyzing 29427 Vibrionaceae genome assemblies, we showed that this mechanism of intrinsic resistance is prevalent and specific to the Harveyi clade, which includes strains of Vibrio parahaemolyticus and Vibrio alginolyticus causing infections in humans. The operon conferred colistin-resistance when transferred to sensitive non- Vibrio strains. While mcr -and arn -based Col-R mechanisms were also identified, the widespread presence of ept A gene variants in Vibrio suggests they play a key role in intrinsic resistance to colistin. Beyond these ancient ept A gene copies having evolved with the Vibrio lineage, we also identified mobile ept A paralogues that have been recently transferred between and within Vibrio clades. This highlights Vibrio as a potential source of Col-R mechanisms, emphasizing the need for enhanced surveillance to prevent colistin-resistant infections in coastal areas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».