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Enregistrement W4403371689 · doi:10.1093/gbe/evae223

Parallel Spectral Tuning of a Cone Visual Pigment Provides Evidence for Ancient Deep-Sea Adaptations in Cetaceans

2024· article· en· W4403371689 sur OpenAlexaff
Hai Chi, Linxia Sun, Yue Zhan, Jinqu Guo, David M. Irwin, Guang Yang, Shixia Xu, Yang Liu

Notice bibliographique

RevueGenome Biology and Evolution · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueMarine animal studies overview
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesFundamental Research Funds for the Central UniversitiesNational Institutes of HealthNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésSpectral sensitivityBiologyColor visionBaleenRhodopsinPhotopigmentWhaleEvolutionary biologyZoologyAnatomyWavelengthRetinalEcologyOpticsBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Dichromatic color vision is mediated by two cone visual pigments in many eutherian mammals. After reentry into the sea, early cetaceans lost their violet-sensitive visual pigment (short wavelength-sensitive 1) independently in the baleen and toothed whale ancestors and thus obtained only monochromatic cone vision. Subsequently, losses of the middle/long wavelength-sensitive (M/LWS) pigment have also been reported in multiple whale lineages, leading to rhodopsin (RH1)-mediated rod monochromatic vision. To further elucidate the phenotypic evolution of whale visual pigments, we assessed the spectral tuning of both M/LWS and RH1 from representative cetacean taxa. Interestingly, although the coding sequences for M/LWS are intact in both the pygmy right whale and the Baird's beaked whale, no spectral sensitivity was detected in vitro. Pseudogenization of other cone vision-related genes is observed in the pygmy right whale, suggesting a loss of cone-mediated vision. After ancestral sequence reconstructions, ancient M/LWS pigments from cetacean ancestors were resurrected and functionally measured. Spectral tuning of M/LWS from the baleen whale ancestor shows that it is green sensitive, with a 40-nm shift in sensitivity to a shorter wavelength. For the ancestor of sperm whales, although no spectral sensitivity could be recorded for its M/LWS pigment, a substantial sensitivity shift (20 to 30 nm) to a shorter wavelength may have also occurred before its functional inactivation. The parallel phenotypic evolution of M/LWS to shorter wavelength sensitivity might be visual adaptations in whales allowing more frequent deep-sea activities, although additional ecological differentiations may have led to their subsequent losses.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,047
Score d'incertitude au seuil0,262

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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