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Enregistrement W4403448395 · doi:10.1101/2024.10.14.618180

A novel downstream factor in willows replaces the ancestral sex determining gene

2024· preprint· en· W4403448395 sur OpenAlexaff
Yuan Wang, Zhi‐Qing Xue, Rengang Zhang, Elvira Hörandl, Xiaoru Wang, Judith E. Mank, He Li

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueBioenergy crop production and management
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDownstream (manufacturing)GeneBiologyGeneticsFactor (programming language)Evolutionary biologyComputational biologyComputer scienceEngineeringOperations management

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Sex chromosome turnover has occurred in many groups, and is mediated by the translocation or duplication of apical sex-determining genes, or the replacement of original sex determination genes by new ones. In dioecious plants, the former frequently occurs, while the latter is rarely reported. Here, we assembled four haplotype-resolved chromosome-level genomes from four lineages of the Salix polyclona complex, including three diploids (E, E-TS, and W1) and one autotetraploid (W2). Our analyses reveal that diploids have a ZW/ZZ system, while autotetraploid has a ZZZW/ZZZZ system on chromosome 15. The apical sex-determining genes of Salicaceae, ARR17-like duplicates on chromosomes 15 and 19, which can indirectly turn-on/off the expression of PISTILLATA (PI) gene and determine sex, appears to have lost the function of sex determination in the S. polyclona complex. We found a novel sex determining factor on the 15W of the complex, namely partial PI-like duplicates, which has taken over the function from the ARR17-like duplicates. In conclusion, a new dominant sex-determining gene was recruited in the S. polyclona complex, replacing the ancestral apical sex-determining ARR17-like duplicates. The newly identified partial PI-like duplicates exhibit a direct influence on the downstream intact PI-like duplications, providing valuable insights into the evolutionary trajectory of the top-down sex determination pathway.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,192 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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