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Enregistrement W4403508643 · doi:10.1107/s2052520624008679

The seventh blind test of crystal structure prediction: structure ranking methods

2024· article· en· W4403508643 sur OpenAlexafffund
Lily M. Hunnisett, Nicholas Francia, Jonas Nyman, Nathan S. Abraham, Srinivasulu Aitipamula, Tamador Alkhidir, Mubarak Almehairbi, Andrea Anelli, Dylan M. Anstine, John E. Anthony, Joseph E. Arnold, Faezeh Bahrami, Michael A. Bellucci, Gregory J. O. Beran, Rajni M. Bhardwaj, Raffaello Bianco, J.A. Bis, A. Daniel Boese, James Bramley, Doris E. Braun, Patrick W. V. Butler, Joseph Cadden, Stephen A. R. Carino, Ctirad Červinka, Eric J. Chan, Chao Chang, Sarah Melanie Clarke, Simon J. Coles, Cameron Cook, Richard I. Cooper, Tom Darden, Graeme M. Day, H. Dietrich, Antonio G. DiPasquale, Bhausaheb Dhokale, Bouke P. van Eijck, M.R.J. Elsegood, Dzmitry S. Firaha, Wenbo Fu, Kaori Fukuzawa, Nikolaos Galanakis, Midori Goto, Chandler Greenwell, Rui Guo, J. A. Harter, Julian Helfferich, Johannes Hoja, John Hone, Richard S. Hong, Michal Hušák, Yasuhiro Ikabata, Olexandr Isayev, Ommair Ishaque, Varsha Jain, Yingdi Jin, Aling Jing, Erin R. Johnson, Ian M. Jones, K. V. Jovan Jose, Elena A. Kabova, Adam C. Keates, Paul F. Kelly, Jiří Klimeš, Veronika Kostková, He Li, Xiaolu Lin, Alexander List, Congcong Liu, Yifei Michelle Liu, Zenghui Liu, Ivor Lončarić, Joseph W. Lubach, Jan Ludík, Noa Marom, Hiroyuki Matsui, Alessandra Mattei, R. Alex Mayo, John W. Melkumov, Bruno Mladineo, Sharmarke Mohamed, Zahrasadat Momenzadeh Abardeh, Hari S. Muddana, Naofumi Nakayama, Kamal Singh Nayal, Marcus A. Neumann, Rahul Nikhar, Shigeaki Obata, Dana O’Connor, Artem R. Oganov, Koji Okuwaki, Alberto Otero‐de‐la‐Roza, Sean Parkin, Antonio Parunov, Rafał Podeszwa, Alastair J. A. Price, Louise S. Price, Sarah L. Price, Michael R. Probert, Angeles Pulido, Gunjan Rajendra Ramteke, Attiq-Ur Rehman, Susan M. Reutzel‐Edens, Jutta Rogal, Marta J. Ross, Adrian F. Rumson, G. Sadiq, Zeinab M. Saeed, Alireza Salimi, Kiran Sasikumar, Sivakumar Sekharan, Kenneth Shankland, Baimei Shi, Xuekun Shi, Kotaro Shinohara, A. Geoffrey Skillman, Hongxing Song, Nina Strasser, Jacco van de Streek, Isaac J. Sugden, Guangxu Sun, Krzysztof Szalewicz, Lu Tan, Frank Tarczynski, Christopher R. Taylor, Alexandre Tkatchenko, Rithwik Tom, Petr Touš, Mark E. Tuckerman, Pablo A. Unzueta, Yohei Utsumi, Leslie Vogt-Maranto, Jake Weatherston, Lawrence H. Wilkinson, Robert D. Willacy, Łukasz Wojtas, Grahame R. Woollam, Yi Yang, Zhuocen Yang, Etsuo Yonemochi, Xin Yue, Qun Zeng, Tian Zhou, Yunfei Zhou, R.I. Zubatyuk, Jason C. Cole

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section B Structural Science Crystal Engineering and Materials · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueX-ray Diffraction in Crystallography
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesArmy Research LaboratoryArmy Research OfficeDivision of ChemistryDivision of Materials ResearchJapan Society for the Promotion of ScienceHrvatska Zaklada za ZnanostScience and Technology Facilities CouncilResearch Institute for Information Technology, Kyushu UniversityNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaArgonne National LaboratoryOak Ridge Institute for Science and EducationOffice of ScienceBill and Carol Fox Center for Humanistic Inquiry, Emory UniversityFundación para el Fomento en Asturias de la Investigación Científica Aplicada y la TecnologíaRussian Science FoundationUniversity of SouthamptonWorkforce Development for Teachers and ScientistsGrantová Agentura České RepublikyXtalPiKhalifa University of Science, Technology and ResearchDell EMCKarl-Franzens-Universität GrazDeutsche ForschungsgemeinschaftEngineering and Physical Sciences Research CouncilAgencia Estatal de InvestigaciónOak Ridge Associated UniversitiesEli Lilly and CompanyU.S. Department of EnergyEuropean CommissionUniversity of ReadingNational Science Foundation
Mots-clésRanking (information retrieval)Crystal structure predictionTest (biology)Artificial intelligenceComputer scienceCrystal structureStatisticsMathematicsCrystallographyGeologyChemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A seventh blind test of crystal structure prediction has been organized by the Cambridge Crystallographic Data Centre. The results are presented in two parts, with this second part focusing on methods for ranking crystal structures in order of stability. The exercise involved standardized sets of structures seeded from a range of structure generation methods. Participants from 22 groups applied several periodic DFT-D methods, machine learned potentials, force fields derived from empirical data or quantum chemical calculations, and various combinations of the above. In addition, one non-energy-based scoring function was used. Results showed that periodic DFT-D methods overall agreed with experimental data within expected error margins, while one machine learned model, applying system-specific AIMnet potentials, agreed with experiment in many cases demonstrating promise as an efficient alternative to DFT-based methods. For target XXXII, a consensus was reached across periodic DFT methods, with consistently high predicted energies of experimental forms relative to the global minimum (above 4 kJ mol −1 at both low and ambient temperatures) suggesting a more stable polymorph is likely not yet observed. The calculation of free energies at ambient temperatures offered improvement of predictions only in some cases (for targets XXVII and XXXI). Several avenues for future research have been suggested, highlighting the need for greater efficiency considering the vast amounts of resources utilized in many cases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,091
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,224
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,091
Score d'incertitude au seuil0,480

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0910,224
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,004
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0040,004
Communication savante0,0040,004
Science ouverte0,0040,005
Intégrité de la recherche0,0060,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0150,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,262
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations70
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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