S1486 Pathogenic Crossroads: Viral Defense Genes as Modulators of Crohn's Disease Activity
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Crohn's disease (CD) is a chronic inflammatory disorder of the gastrointestinal tract, characterized by alternating periods of remission and exacerbation. Understanding the interactions between host genetics and environmental factors, including potential viral triggers, is crucial for elucidating the underlying mechanisms of disease pathophysiology. Objective: This study aimed to investigate gene expression profiles that correlate with the Crohn's Disease Activity Index (SCDAI), with a specific focus on identifying molecular pathways that could indicate the involvement of viral elements in disease activity. Methods: We analyzed gene expression data from 389 intestinal biopsy samples collected from the ileum, provided by the SPARC dataset. Differential expression analysis was conducted between active and inactive disease states, followed by pathway analysis of differentially expressed genes using Reactome. Genes enriched in virus-related pathways were then selected for Pearson correlation analysis to assess associations between gene expression levels and SCDAI scores. Significance was determined through P-value adjustments using the Benjamini-Hochberg method to control the False Discovery Rate (FDR). Results: Significant correlations with SCDAI scores were found among genes involved in viral defense mechanisms, including TRIM7 (r: 0.157, FDR: 0.0215), FCN3 (r: 0.156, FDR: 0.0215), TLR2 (r: 0.139, FDR: 0.0394), APOBEC3A (r: 0.156, FDR: 0.0215), MLKL (r: 0.142, FDR: 0.0393), DDIT4 (r: 0.215, FDR: 0.000891), and OASL (r: 0.154, FDR: 0.0215). These genes participate in critical antiviral response pathways, suggesting that viral elements may significantly influence the exacerbation and modulation of inflammatory processes in Crohn's disease. Conclusion: Our findings underscore a significant link between viral defense mechanisms and the activity of Crohn's disease, highlighting the potential for viral infections to impact disease progression. This study contributes to a deeper understanding of Crohn's disease pathophysiology and emphasizes the importance of considering viral elements as a contributing factor in its dynamics (see Figure 1).Figure 1.: Network graph showing selected gene correlations with SCDAI and each other.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».