Epigenetic responses in <i>Borrelia</i> -infected Ixodes <i>scapularis</i> ticks: Over-expression of euchromatic histone lysine methyltransferase 2 and no change in DNA methylation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Borrelia burgdorferi , a tick-vectored spirochete bacteria best known for causing Lyme disease, has been found to induce physiological and behavioural changes in its tick vector that can increase tick fitness and its ability to transmit the bacteria. The mechanism by which this bacterium modulates these changes remains unknown. Epigenetics plays a central role in transducing external and internal microbiome environmental influences to the organism, so we investigated DNA methylation and the expression of a key histone modification enzyme in Borrelia -infected and uninfected Ixodes scapularis ticks. DNA methylation of the pericentromeric tandem repeats family, Ixodes scapularis Repeats (ISR) were assessed by methylated-DNA immunoprecipitation (MeDIP) followed by qPCR of the ISR regions. DNA methylation of the ISR sequences was found. The different repeats had different levels of DNA methylation, however, these levels were not significantly affected by the presence or absence of B. burgdorferi . The epigenetic regulator euchromatic histone lysine methyltransferase 2 ( EHMT2 ) is recognized as having a key role in modulating the organismal stress response to infections. To assess EHMT2 transcription in Borrelia -infected and uninfected ticks, real-time reverse transcriptase PCR was performed. Uninfected ticks had over 800X lower EHMT2 expression than infected ticks. This study is among the first to identify a gene that may be involved in producing epigenetic differences in ticks depending on infection status and lays the groundwork for future epigenetic studies of I. scapularis in response to B. burgdorferi as well as other pathogens that these ticks transmit.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».