MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4403916107 · doi:10.1101/2024.10.29.620805

The structure of the Tad pilus alignment complex reveals a periplasmic conduit for pilus extension

2024· preprint· en· W4403916107 sur OpenAlexaff
Sasha L. Evans, Iryna Peretiazhko, Sahil Y. Karnani, Lindsey S. Marmont, James H. R. Wheeler, Boo Shan Tseng, William M. Durham, John C. Whitney, Julien R. C. Bergeron

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueAdvanced Materials and Mechanics
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research Council
Mots-clésPilusPeriplasmic spaceExtension (predicate logic)Computer scienceBiologyGeneticsEscherichia coliProgramming language

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The Tad ( T ight ad herence) pilus is a bacterial appendage implicated in bacterial virulence, cell-cell aggregation, and biofilm formation. Despite its homology to the well-characterised Type IV pilus, the structure and assembly mechanism of the Tad pilus are poorly understood. Here, we investigate the role of the protein RcpC from Pseudomonas aeruginosa . Our analyses reveal that RcpC forms a dodecameric periplasmic complex, anchored to the inner membrane by a transmembrane helix, and interacting with the outer membrane secretin RcpA. We use single-particle Cryo-EM to elucidate the structure of this RcpC dodecamer, and cell-based assays to demonstrate that the RcpC-RcpA complex is essential for Tad-mediated cell-cell aggregation. Collectively, these data demonstrate that RcpC forms the Tad pilus alignment complex, which provides a conduit across the periplasm for the Tad pilus filament to access the extracellular milieu. Our experimental data and structure-based models allow us to propose a mechanism for Tad plus assembly.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,019
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)Même sujetAdvanced Materials and MechanicsTravaux en français237 207