Genomic epidemiology of emerging terbinafine-resistant Trichophyton indotineae
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Dermatophyte skin infections affect around a quarter of the world’s population and are a growing public health concern due to increasing incidence of novel species causing severe infections that are resistant to antifungal treatments. Trichophyton species cause the greatest burden of dermatophytosis worldwide, with the T. mentagrophytes species complex being particularly associated with the emergence of new aggressive infections. One emerging species, T. indotineae (originally T. mentagrophytes genotype VIII) is notable for the extensive nature of the often inflammatory infection, its clinical resistance to terbinafine antifungal treatment, and its rapid global spread. To better understand the epidemiology of this disease, we sourced isolates from severe cases of dermatophytosis in the United Kingdom, Ireland, France, Canada and India for the period 2018-2023, including the type strain from Japan. We used whole-genome sequencing to confirm 90 isolates were T. indotineae, and antifungal susceptibility testing indicated that over half of these (62%) were resistant to terbinafine (MIC ≥1 mg/L). Pairwise genetic distances showed very high identity with only 147 (1-414) SNPs separating isolates that were nested within a monophyletic phylogeny, supporting a single evolutionary origin of T. indotineae. That no clear geographic clustering of isolates was observed confirms the rapid transcontinental spread of T. indotineae from its likely centre of diversity in Asia. Genome-wide analyses identified multiple non-synonymous SNPs in SQLE (ERG1), the squalene epoxidase target of terbinafine, that were associated with terbinafine in vitro resistance ≥1 mg/L. However, five isolates exhibited high MIC values without SQLE mutations, suggesting the presence of alternative resistance mechanisms. Our findings highlight the importance of better genomic surveillance to understand and manage this severe and rapidly emerging terbinafine-resistant dermatophyte.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».