Epigenetic silencing and host genome evolution determine fate of viral insertions in <i>Acanthamoeba</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Acanthamoeba is a cosmopolitan freshwater amoebae known for its association with Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NCLDVs). Previous studies have shown that Acanthamoeba spp. undergo lateral gene transfer (LGT) with NCLDVs. Here we have leveraged chromosome-scale assemblies of two strains of Acanthamoeba castellanii , Neff and C3, to investigate the occurrence and genomic context of viral LGT in Acanthamoeba . We show that the viral ‘footprints’ in the C3 and Neff genomes are largely non-overlapping and that viral genes in Neff are found disproportionately in large sub-telomeric insertions. Multiple partial copies of these insertions are found throughout the Neff genome, but they are not expressed and do not encode functions for their own mobility. Viral regions are hyper-methylated and highly condensed, suggesting that the expression of recently acquired viral DNA is suppressed in heterochromatic regions. We propose a three-step model for the origin and fate of viral sequences in Acanthamoeba : (i) integration of DNA from giant viruses, (ii) epigenetic suppression of the viral DNAs, which allows them to persist in the genome, and (iii) deterioration of viral genomes by point mutation and intra- and inter-chromosomal recombination. Viral integrations in Acanthamoeba spp. are transient and may not have long-lasting effects on the fitness of the host amoeba. Our work strengthens a growing body of work showing widespread but transient integration of viral DNA in protists and extends the relevance of epigenetic silencing mechanisms to the evolution of Amoebozoa . We highlight the importance of host genome dynamics for understanding the evolution of endogenized viral elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».