Genome-Wide Analysis of the Class III Peroxidase Gene Family in Physcomitrium patens and a Search for Clues to Ancient Class III Peroxidase Functions
Notice bibliographique
Résumé
Plant class III peroxidases (PRXs) catalyze generation of reactive oxygen species and oxidation of various compounds including lignin precursors. PRXs function in cell wall metabolism, defense, and stress responses. However, gene redundancy and catalytic versatility have impeded detailed functional characterization of PRX genes. The genome of the model moss Physcomitrium patens harbors a relatively small number (49) of PRX genes. Conserved architecture of four exons and three ‘001’ introns, found in some algal PRX genes and in the PpPRX family, suggests that this architecture predated divergence of the green algal and land plant lineages. The PpPRX family expanded mainly through whole-genome duplications. All duplicated pairs but one were under purifying selection and generally exhibited similar expression profiles. An expanded phylogenetic tree revealed a conserved land plant-wide clade that contained PRXs implicated in stress responses in non-lignifying cells, providing a clue to ancient functions of land plant PRXs. Functional clustering was not observed, suggesting convergent evolution of specific PRX functions (e.g., lignification) in different plant lineages. With its small complement of PRXs, P. patens may be useful for functional characterization of land plant PRXs. Several PpPRXs were proposed for further study, including PpPRX34 and PpPRX39 in the ancient land plant-wide clade.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».