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Enregistrement W4404108697 · doi:10.1038/s41467-024-52472-6

A PSA SNP associates with cellular function and clinical outcome in men with prostate cancer

2024· article· en· W4404108697 sur OpenAlexaff
Srilakshmi Srinivasan, Thomas Kryza, Nathalie Bock, Brian Wan-Chi Tse, Kamil A. Sokolowski, Janaththani Panchadsaram, Achala Fernando, Leire Moya, Carson Stephens, Ying Dong, Joan Röhl, Saeid Alinezhad, Ian Vela, Joanna Perry‐Keene, Katie Buzacott, Robert Nica, Elizabeth Bancroft, Elizabeth Page, Audrey Ardern‐Jones, Chris Bangma, Elena Castro, David P. Dearnaley, Diana Eccles, D. Gareth Evans, Jórunn E. Eyfjörd, Alison Falconer, Christopher S. Foster, Freddie C. Hamdy, Óskar Þór Jóhannsson, Vincent Khoo, Geoffrey J. Lindeman, Jan Lubiński, Lovise Mæhle, Christos Mikropoulos, Anita Mitra, Clare Moynihan, Judith Offman, Gad Rennert, Lucy Side, Mohnish Suri, Penny Wilson, Manuela Gago-Domínguez, Pardeep Kumar, Antonis C. Antoniou, Jana McHugh, Holly Ní Raghallaigh, R. R. Hall, Natalie Taylor, Sarah Thomas, Kathryn Myhill, Matthew Hogben, Eva McGrowder, Diana Keating, Denzil James, Syed Arshad Hussain, Angela Wood, Nening M. Dennis, Paul Ardern-Jones, N. van As, Steve Hazell, Sarah J. Lewis, Paul D.P. Pharoah, J. Schalken, Aslam Sohaib, Nandita de Souza, Paul Cathcart, Frank Chingewundoh, Jeff Bamber, Alexander Dias, Christos Mikropolis, Sibel Saya, Anne-Marie Borges Da Silva, Lucia D’Mello, Sue Moss, J Melia, Netty Kinsella, Justyna Sobczak, Naami Mcaddy, David Nicol, Chris Ogden, Declan Cahill, Alan Thompson, Christopher Woodhouse, Vincent J. Gnanapragasam, Colin Cooper, Jeremy Clark, Johanna Schleutker, Christiane Maier, Kenneth Muir, Catherine M. Tangen, Henrik Grönberg, Nora Pashayan, Demetrius Albanes, Alicja Wolk, Janet L. Stanford, S.I. Berndt, Lorelei A. Mucci, Stella Koutros, Olivier Cussenot, Karina D. Sørensen, Eli Marie Grindedal, Ruth C. Travis, Christopher A. Haiman, Robert J. MacInnis, Ana Vega, Fredrik Wiklund, David E. Neal, Manolis Kogevinas, Kathryn L. Penney, Børge G. Nordestgaard, Hermann Brenner, Esther M. John, Marija Gamulin, Frank Claessens, Olle Melander, Anders Dahlin, Pär Stattin, Göran Hallmans, Christel Häggström, Robert Johansson, Elin Thysell, Ann‐Charlotte Rönn, Weiqiang Li, Nigel N. Brown, Goce Dimeski, Benjamin Shepherd, Tokhir Dadaev, Mark N. Brook, Amanda B. Spurdle, Ulf‐Håkan Stenman, Hannu Koistinen, Zsofia Kote‐Jarai, Robert J. Klein, Hans Lilja, Rupert Ecker, Rosalind A. Eeles, Fredrick R. Schumacher, Sara Benlloch, Ali Amin Al Olama, Stephen Chanock, Ying Wang, Stephanie J. Weinstein, Catharine West, Géraldine Cancel‐Tassin, Jenny L. Donovan, Robert J. Hamilton, Sue A. Ingles, Barry S. Rosenstein, Yong‐Jie Lu, Graham G. Giles, Adam S. Kibel, Jong Y. Park, Cezary Cybulski, Sune F. Nielsen, Jeri Kim, Manuel R. Teixeira, Susan L. Neuhausen, Kim De Ruyck, Azad Razack, Lisa F. Newcomb, Davor Lessel, Radka Kaneva, Nawaid Usmani, Paul A. Townsend, Jose E. Castelao, F. Ménégaux, Kay-Tee Khaw, Lisa Cannon‐Albright, Hardev Pandha, S. N. Thibodeau, Peter Kraft, William J. Blot, Artitaya Lophatananon, Phyllis J. Goodman, Ian M. Thompson, Tobias Nordström, Alison M. Dunning, Teuvo L.J. Tammela, Anssi Auvinen, Niclas Håkansson, Gerald L. Andriole, Robert N. Hoover, Mitchell J. Machiela, Edward L. Giovannucci, Laura E. Beane Freeman, Michael Borre, Timothy J. Key, Loı̈c Le Marchand, Xin Sheng, Melissa C. Southey, Roger L. Milne, Antonio Gómez‐Caamaño, Laura Fachal, Martin Eklund, Trinidad Dierssen‐Sotos, Gemma Castaño‐Vinyals, Antonio Alcaraz, Sara Lindström, Meir J. Stampfer, Stig E. Bojesen, Hein Vincent Stroomberg, Martin Andreas Røder, Xin Gao, Bernd Holleczek, Ben Schöttker, Josef Hoegel, Thomas Schnoeller, Tomislav Kuliš, Steven Joniau, Maria Elena Martinez, Markus Aly, Wayne D. Tilley, Gail P. Risbridger, Lisa G. Horvath, Renea A. Taylor, Lisa M. Butler, Anne-Maree Haynes, Melissa Papargiris, Judith A. Clements, Jyotsna Batra

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueProstate Cancer Treatment and Research
Établissements canadiensUniversity of AlbertaPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesInstituto de Salud Carlos IIICancer Council QueenslandMedical Research CouncilRosetrees TrustNational Institutes of HealthVedecká Grantová Agentúra MŠVVaŠ SR a SAVSigrid Juséliuksen SäätiöQueensland GovernmentU.S. Department of DefenseUmeå UniversitetNational Institute for Health and Care ResearchMagnus Ehrnroothin SäätiöCancerfondenFundación Mutua MadrileñaProstate Cancer Foundation of AustraliaRoyal Marsden NHS Foundation TrustAdvance QueenslandProstate Cancer FoundationAustralian Prostate Cancer ResearchMovember FoundationNational Health and Medical Research CouncilCancer Research UKMater FoundationVetenskapsrådetAustralian GovernmentNational Cancer InstituteKnut och Alice Wallenbergs Stiftelse
Mots-clésProstate cancerSNPOutcome (game theory)Function (biology)CancerProstateOncologyMedicineBiologyInternal medicineBioinformaticsSingle-nucleotide polymorphismGeneticsGeneGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Genetic variation at the 19q13.3 KLK locus is linked with prostate cancer susceptibility in men. The non-synonymous KLK3 single nucleotide polymorphism (SNP), rs17632542 (c.536 T > C; Ile163Thr-substitution in PSA) is associated with reduced prostate cancer risk, however, the functional relevance is unknown. Here, we identify that the SNP variant-induced change in PSA biochemical activity mediates prostate cancer pathogenesis. The 'Thr' PSA variant leads to small subcutaneous tumours, supporting reduced prostate cancer risk. However, 'Thr' PSA also displays higher metastatic potential with pronounced osteolytic activity in an experimental metastasis in-vivo model. Biochemical characterisation of this PSA variant demonstrates markedly reduced proteolytic activity that correlates with differences in in-vivo tumour burden. The SNP is associated with increased risk for aggressive disease and prostate cancer-specific mortality in three independent cohorts, highlighting its critical function in mediating metastasis. Carriers of this SNP allele have reduced serum total PSA and a higher free/total PSA ratio that could contribute to late biopsy decisions and delay in diagnosis. Our results provide a molecular explanation for the prominent 19q13.3 KLK locus, rs17632542 SNP, association with a spectrum of prostate cancer clinical outcomes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,054
Tête enseignante GPT0,420
Écart entre enseignants0,366 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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